农场动物暴露、呼吸道疾病与鼻细胞基因表达

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE233761

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：生命早期的农场暴露可降低儿童过敏性疾病和哮喘的风险。关于农场暴露与呼吸道疾病及黏膜免疫发育之间关系的信息较少。目的：我们假设在农场环境中成长的儿童在出生后前两年内病毒性疾病的发生率低于非农场儿童。我们还分析了农场暴露或呼吸道疾病与鼻细胞基因表达模式之间的关系。方法：威斯康星婴儿研究队列（WISC）出生队列招募了来自威斯康星州中部的农场和非农场孕妇。父母报告了产前农场及其他环境暴露情况。通过疾病日记和定期调查评估疾病频率和严重程度。将两岁时鼻咽细胞基因表达与农场暴露和呼吸道疾病史进行比较。结果：非农场组的呼吸道疾病发生率高于农场组（率比0.82 [0.69,0.97]，p=0.020），但喘息性疾病无显著差异。

至少每周接触0只、1只或≥2只动物的儿童，其呼吸道疾病发生率呈阶梯式下降（p=0.006）。在分析鼻细胞基因表达时，农场暴露和既往呼吸道疾病与单核细胞及先天性和抗菌反应的基因特征呈正相关。结论：接触农场和农场动物的儿童在出生后头两年呼吸道疾病发生率较低。农场暴露和既往呼吸道疾病均与先天免疫反应增强相关，提示这些暴露可刺激黏膜免疫反应，从而降低后续疾病发生频率。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。