哮喘患者与健康对照CD4+ T细胞基因表达差异数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE217904

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：对全基因组关联研究（GWAS）汇总统计数据进行的功能富集分析提示，免疫细胞类型，尤其是CD4+ T细胞，在哮喘发病机制中发挥重要作用。尽管如此，CD4+ T细胞在哮喘转录组研究中的代表性仍然不足。目的：识别哮喘患者与健康对照者CD4+ T细胞之间的基因表达差异。方法：在采集后2小时内从确诊哮喘患者（n=33）和健康对照者（n=12）的外周血中分离CD4+ T细胞。采用3’-RNA-Seq生成基因表达数据。采用加权基因共表达网络分析（WGCNA）识别共表达基因集（模块）。对哮喘相关模块进行GWAS鉴定的哮喘基因及基因本体（GO）生物学过程的富集检验。对于哮喘相关模块中的基因，整合eQTL与GWAS汇总统计数据（共定位）以及蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）数据，以识别主调控因子。结果：经质量控制后，共有43份样本可用于分析。

WGCNA鉴定出三个与哮喘相关的模块，这些模块在GWAS鉴定的哮喘基因、抗原加工/呈递以及对病毒感染的免疫应答方面高度富集。eQTL与GWAS汇总统计数据的共定位分析，结合PPI数据，确定PTPRC为CD4+ T细胞中哮喘基因表达谱的主调控因子。结论：与健康对照相比，哮喘患者外周血中未受刺激的CD4+ T细胞在参与对病毒感染免疫应答和抗原加工/呈递的基因集上具有不同的表达谱。整合遗传与蛋白质-蛋白质相互作用数据，确定PTPRC为哮喘相关基因的主调控因子。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。