肺特异性MCEMP1作为KIT衔接蛋白促进SCF介导的肥大细胞增殖 [肺RNA-seq]
该数据集来自NCBI GEO,包含GSE197040的肺RNA-seq系列矩阵文件,比较Mcemp1-/-小鼠与野生型小鼠在卵清蛋白(OVA)诱导的哮喘模型中的肺转录组
![GSE197040: Lung-specific MCEMP1 acts as an adaptor for KIT to promote SCF-mediated mast cell proliferation [Lung RNA-seq]](/medical-api/medicalDataset/datasetCover/155846.jpg)
基本信息
资源简介
肺特异性MCEMP1作为KIT衔接蛋白促进SCF介导的肥大细胞增殖 [肺RNA-seq]
GSE197040 是一个来自 NCBI GEO 的肺 RNA-seq 数据集,主题为“Lung-specific MCEMP1 acts as an adaptor for KIT to promote SCF-mediated mast cell proliferation”。该数据集属于呼吸系统疾病 / 哮喘分类,通过高通量测序对卵清蛋白(OVA)诱导的哮喘模型小鼠肺组织进行转录组表达谱分析,比较 Mcemp1 基因敲除小鼠(Mcemp1-/-)与野生型小鼠的肺部转录组差异。数据集包含 1 个文件,即 GSE197040 的系列矩阵文件 GSE197040_series_matrix.txt.gz,作者为 Youn、J、Choi,发布时间为 Feb 19 202。该数据集可用于研究 MCEMP1 在肺部及哮喘相关肥大细胞增殖中的作用机制。
【数据集背景】
该数据集围绕肺部特异性基因 MCEMP1 的功能展开。源站标题表明,MCEMP1 作为 KIT 的衔接蛋白,促进 SCF 介导的肥大细胞增殖。为在体内研究这一机制,研究者采用卵清蛋白(OVA)诱导的哮喘模型,对 Mcemp1-/- 小鼠与野生型小鼠的肺转录组进行比较分析。数据集所属分类为呼吸系统疾病 / 哮喘,反映了其与哮喘病理机制研究的关联。
【数据内容】
数据集包含 1 个文件,文件样例为 GSE197040_series_matrix.txt.gz,即该 RNA-seq 系列的矩阵文件。主题标签包括“Expression profiling by high throughput sequencing”、GPL24247 和 10090,表明数据通过高通量测序获得表达谱,涉及平台 GPL24247 与物种编号 10090。数据内容为 OVA 诱导哮喘模型中 Mcemp1-/- 小鼠与野生型小鼠肺组织的转录组表达数据。
【采集与来源】
数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov(NCBI GEO),源站描述指出,研究者通过 RNA 测序分析了 Mcemp1-/- 小鼠与野生型小鼠在卵清蛋白(OVA)诱导的哮喘模型中的肺转录组。作者为 Youn、J、Choi,发布时间为 Feb 19 202。
【适用场景】
该数据集适用于呼吸系统疾病特别是哮喘相关的研究,可用于比较 Mcemp1 缺失与野生型小鼠在 OVA 诱导哮喘模型下的肺转录组表达差异,进而探索 MCEMP1 作为 KIT 衔接蛋白在 SCF 介导的肥大细胞增殖中的作用。也可作为高通量测序表达谱分析的参考数据,用于基因表达比较与机制假设生成。
【使用方法】
使用时可下载数据文件 GSE197040_series_matrix.txt.gz,按文件格式读取:该文件为 GZIP 压缩包。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入分析流程。
【质量与限制】
源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供。
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE197040
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们通过RNA测序分析了在卵清蛋白(OVA)诱导的哮喘模型中,Mcemp1-/-小鼠与野生型小鼠的肺转录组。
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