肺特异性MCEMP1作为KIT衔接蛋白促进SCF介导的肥大细胞增殖 [肺RNA-seq]

该数据集来自NCBI GEO,包含GSE197040的肺RNA-seq系列矩阵文件,比较Mcemp1-/-小鼠与野生型小鼠在卵清蛋白(OVA)诱导的哮喘模型中的肺转录组

geo
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基因组分类GPL2424710090
GSE197040: Lung-specific MCEMP1 acts as an adaptor for KIT to promote SCF-mediated mast cell proliferation [Lung RNA-seq]

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-21

资源简介

肺特异性MCEMP1作为KIT衔接蛋白促进SCF介导的肥大细胞增殖 [肺RNA-seq]

GSE197040 是一个来自 NCBI GEO 的肺 RNA-seq 数据集,主题为“Lung-specific MCEMP1 acts as an adaptor for KIT to promote SCF-mediated mast cell proliferation”。该数据集属于呼吸系统疾病 / 哮喘分类,通过高通量测序对卵清蛋白(OVA)诱导的哮喘模型小鼠肺组织进行转录组表达谱分析,比较 Mcemp1 基因敲除小鼠(Mcemp1-/-)与野生型小鼠的肺部转录组差异。数据集包含 1 个文件,即 GSE197040 的系列矩阵文件 GSE197040_series_matrix.txt.gz,作者为 Youn、J、Choi,发布时间为 Feb 19 202。该数据集可用于研究 MCEMP1 在肺部及哮喘相关肥大细胞增殖中的作用机制。

【数据集背景】

该数据集围绕肺部特异性基因 MCEMP1 的功能展开。源站标题表明,MCEMP1 作为 KIT 的衔接蛋白,促进 SCF 介导的肥大细胞增殖。为在体内研究这一机制,研究者采用卵清蛋白(OVA)诱导的哮喘模型,对 Mcemp1-/- 小鼠与野生型小鼠的肺转录组进行比较分析。数据集所属分类为呼吸系统疾病 / 哮喘,反映了其与哮喘病理机制研究的关联。

【数据内容】

数据集包含 1 个文件,文件样例为 GSE197040_series_matrix.txt.gz,即该 RNA-seq 系列的矩阵文件。主题标签包括“Expression profiling by high throughput sequencing”、GPL24247 和 10090,表明数据通过高通量测序获得表达谱,涉及平台 GPL24247 与物种编号 10090。数据内容为 OVA 诱导哮喘模型中 Mcemp1-/- 小鼠与野生型小鼠肺组织的转录组表达数据。

【采集与来源】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov(NCBI GEO),源站描述指出,研究者通过 RNA 测序分析了 Mcemp1-/- 小鼠与野生型小鼠在卵清蛋白(OVA)诱导的哮喘模型中的肺转录组。作者为 Youn、J、Choi,发布时间为 Feb 19 202。

【适用场景】

该数据集适用于呼吸系统疾病特别是哮喘相关的研究,可用于比较 Mcemp1 缺失与野生型小鼠在 OVA 诱导哮喘模型下的肺转录组表达差异,进而探索 MCEMP1 作为 KIT 衔接蛋白在 SCF 介导的肥大细胞增殖中的作用。也可作为高通量测序表达谱分析的参考数据,用于基因表达比较与机制假设生成。

【使用方法】

使用时可下载数据文件 GSE197040_series_matrix.txt.gz,按文件格式读取:该文件为 GZIP 压缩包。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入分析流程。

【质量与限制】

源站未提供。

【引用与许可】

源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE197040

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

我们通过RNA测序分析了在卵清蛋白(OVA)诱导的哮喘模型中,Mcemp1-/-小鼠与野生型小鼠的肺转录组。

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