生命早期过敏性致敏与室外空气污染暴露导致年轻成年小鼠出现COPD样表型

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE195996

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

围产期和婴儿早期被认为是肺发育的关键时期，这一时期的不良经历被认为会影响成年后的肺健康。影响出生后肺发育和生长的主要因素包括环境暴露、吸烟、（病毒）感染、过敏性致敏和哮喘。因此，我们假设小鼠出生后早期同时暴露于多种因素会导致成年期肺肺泡化和生长发生更深刻的改变（通过体视学定量），并且与单一因素暴露相比，对肺部炎症和基因表达的调节方式不同。5日龄雄性小鼠腹腔注射10 µg卵清蛋白（OVA）进行免疫。该程序在出生第7天重复进行，对照组动物仅腹腔注射PBS。使用哈佛公共卫生学院开发的环境颗粒浓缩器（HAPC），使小鼠在出生第5天至第39天暴露于环境PM2.5或过滤空气中。按照制造商说明，使用RNeasy Mini Kit（Qiagen，Hilden，Germany）提取肺样本总RNA（每组n=3只动物）。

微阵列分析对每个研究组（对照组、OVA组、PM2.5组、OVA+PM2.5组）各使用三份RNA样本进行，共计12份样本。按照制造商的操作方案，取100纳克总RNA，使用Ambion WT Expression Kit进行扩增，并杂交至GeneChip Mouse Gene 2.0 ST Array（Thermo Scientific，马萨诸塞州，美国）。对照组与OVA组比较显示32个差异表达基因（28个上调，4个下调），对照组与PM2.5组比较有6个差异表达基因（4个上调，2个下调），对照组与OVA+PM2.5组比较有5个差异表达基因（4个上调，1个下调）。OVA组与PM2.5组比较显示97个差异表达基因（22个上调，75个下调），OVA组与OVA+PM2.5组比较有7个差异表达基因（4个上调，3个下调）。最后，PM2.5组与OVA+PM2.

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。