WT与RhoA缺陷小鼠肺泡2型细胞RNA测序分析

数据聚焦呼吸系统疾病与哮喘,通过高通量测序表达谱分析,旨在识别RhoA调控肺泡2型细胞活化并影响气道炎症和哮喘的潜在机制

geo
浏览 9
基因组分类GPL1905710090
GSE175932: RNAsequencing analysis of WT and RhoA-deficient mouse aveolar type 2 cells

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-21

资源简介

WT与RhoA缺陷小鼠肺泡2型细胞RNA测序分析

GSE175932 是一项聚焦呼吸系统疾病与哮喘的 RNA 测序表达谱数据集,来源于 NCBI(ncbi.nlm.nih.gov)。该数据集以野生型(WT)与 RhoA 缺陷型小鼠肺泡 2 型细胞为研究对象,通过高通量测序开展表达谱分析,旨在识别 RhoA 调控肺泡 2 型细胞活化、进而影响气道炎症与哮喘的潜在机制。数据集由 Peisong、Gao 提交,发布时间为 Jun 01 202,包含 1 个数据文件,样例文件为 GSE175932_series_matrix.txt.gz,主题标签涉及高通量测序表达谱分析、GPL19057 平台及物种编号 10090,整体定位于呼吸系统疾病与哮喘方向的基础研究数据资源。

【数据集背景】

该数据集围绕 RhoA 在肺泡 2 型细胞中的作用展开。研究目标是识别 RhoA 调控肺泡 2 型细胞活化并影响气道炎症和哮喘的潜在机制。肺泡 2 型细胞是肺组织中的重要细胞类型,其活化状态与气道炎症过程相关,因此以 WT 与 RhoA 缺陷型小鼠肺泡 2 型细胞为对照开展转录组水平的表达谱比较,有助于从基因表达层面观察 RhoA 缺失所带来的差异。数据集归入呼吸系统疾病与哮喘分类,说明其服务的研究方向是呼吸系统疾病机制探索,而非临床诊断或流行病学调查。

【数据内容】

数据集包含 1 个文件,样例文件名为 GSE175932_series_matrix.txt.gz,格式为 GZIP 压缩包,内容为高通量测序表达谱数据。主题标签表明该数据属于 Expression profiling by high throughput sequencing,涉及 GPL19057 平台与物种编号 10090。数据以 WT 与 RhoA 缺陷型小鼠肺泡 2 型细胞的 RNA 测序分析为核心内容,具体样本数量、基因数量、测序深度、差异表达结果等信息源站未提供。

【采集与来源】

数据来源站为 ncbi.nlm.nih.gov,源站标题为 RNAsequencing analysis of WT and RhoA-deficient mouse aveolar type 2 cells,作者为 Peisong、Gao,发布时间为 Jun 01 202。数据通过高通量测序对小鼠肺泡 2 型细胞进行表达谱采集,比较野生型与 RhoA 缺陷型之间的转录组差异。样本制备细节、测序平台运行参数、生物学重复设置等信息源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于呼吸系统疾病与哮喘相关的基础研究,尤其是围绕 RhoA 调控肺泡 2 型细胞活化、气道炎症机制的表达谱分析。可用于在高通量测序表达谱层面比较 WT 与 RhoA 缺陷型小鼠肺泡 2 型细胞的基因表达差异,为后续机制假设提供转录组线索。也可作为方法学参考,用于了解以 series matrix 形式组织的高通量测序表达谱数据的读取与处理流程。具体临床转化应用、药物靶点验证等场景源站未提供。

【使用方法】

使用时可先下载数据文件 GSE175932_series_matrix.txt.gz,按 GZIP 压缩包格式读取。建议先在小样本上核对字段与编码,确认无误后再批量接入分析流程。由于数据以 series matrix 形式组织,读取后应关注样本分组与表达值字段的组织方式,再开展组间比较。具体的分析软件、标准化方法、统计阈值等源站未提供。

【质量与限制】

数据集仅含 1 个文件,样本规模、重复数、测序质量指标、数据完整性评估等信息源站未提供。数据为小鼠来源的表达谱,向人类或其他物种的外推需谨慎。发布时间标注为 Jun 01 202,年份信息不完整。数据集定位为基础研究表达谱资源,不包含临床表型或随访信息,相关限制源站未提供。

【引用与许可】

数据来源于 ncbi.nlm.nih.gov,作者为 Peisong、Gao,发布时间为 Jun 01 202。使用时应遵循源站的引用规范与数据使用条款。具体许可协议、引用格式、使用限制等信息源站未提供。

官方服务

专家保障全链路合规授权与标注交付

陕川双基地 × 超十家三甲医院直连

从合规授权、采集治理、专业标注到数据集交付,我们提供全链路闭环服务,让高质量临床数据即拿即用。

⚡️ 需要原始数据或标注支持?联系我们获取定制方案。

帮我联系

下载信息

注册下载

需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。

暂未开放

公开下载

无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。

免登录

有偿下载

公开数据集受托下载与技术交付服务。

提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)

暂未开放

当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。

使用方式

数据集获取

源站:https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE175932

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本研究的目的是确定RhoA调控肺泡2型活化并影响气道炎症和哮喘的潜在机制。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

数据缺失?

依托陕西、四川两大基地,我们与超过十家三甲医院建立直接合作关系,覆盖合规授权、采集治理、专业标注、数据交付的全流程,为AI医疗团队提供即拿即用的高质量临床数据。

⚡️ 需要数据支持或标注服务?立即联系我们获取专业方案。

获取专属数据定制方案