人支气管上皮细胞与烟曲霉分生孢子相互作用的功能基因组学

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE16628

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

气道上皮细胞在宿主对吸入性刺激物的防御以及哮喘发病机制中发挥着关键作用。这些细胞持续暴露于无处不在的霉菌烟曲霉（Aspergillus fumigatus）的分生孢子，这些孢子小到足以到达肺泡。在大多数人中，这种暴露是无症状的，但可伴随一系列疾病，从哮喘和变应性支气管肺曲霉病到曲霉球和侵袭性曲霉病。已证明气道上皮细胞在体外可内化烟曲霉分生孢子，但这一过程对发病机制的意义仍不清楚。我们利用16HBE细胞系和表达绿色荧光蛋白的转基因烟曲霉株，建立了这种相互作用的细胞培养模型。使用Agilent全人类基因组微阵列比较对照细胞和暴露于烟曲霉分生孢子的细胞的转录谱，揭示了响应分生孢子存在时基因表达的显著变化。生物学相关反应的鉴定验证了该方法，并推动进一步工作以表征A.

烟曲霉分生孢子及正常与哮喘来源的原代气道上皮细胞。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。