人支气管上皮细胞与烟曲霉分生孢子直接相互作用的功基因组学

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE16627

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数据说明

气道上皮细胞在宿主对吸入性刺激物的防御以及哮喘发病机制中发挥关键作用。这些细胞持续暴露于无处不在的霉菌烟曲霉（Aspergillus fumigatus）的分生孢子，这些孢子小到足以到达肺泡。在大多数人中，这种暴露是无症状的，但可与一系列疾病相关，从哮喘和变应性支气管肺曲霉病到曲霉球和侵袭性曲霉病。气道上皮细胞已被证明在体外可内化烟曲霉分生孢子，但这一过程对发病机制的意义仍不清楚。我们利用16HBE细胞系和表达绿色荧光蛋白的转基因烟曲霉菌株，建立了这种相互作用的细胞培养模型。使用荧光激活细胞分选（FACS），将与分生孢子直接相互作用的细胞和未与任何分生孢子结合的细胞分选到不同的样本中。使用Agilent全人类基因组微阵列对这些样本进行转录谱分析，揭示了响应分生孢子相互作用的基因表达显著变化。

生物学相关反应的识别验证了该方法学的有效性，并激发了进一步研究，以表征烟曲霉分生孢子与正常及哮喘来源的原代气道上皮细胞之间的相互作用。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。