GALA II 研究鼻上皮转录组图谱

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE152004

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

儿童哮喘是一种复杂的疾病，历史上其定义基于部分重叠的临床特征，包括反复发作的呼吸道症状和可逆性气道阻塞。然而，临床疾病和气道病理学中观察到的异质性表明，“传统”定义的哮喘人群由多个亚组（即内型）组成，每个亚组具有不同的发病机制。支气管气道刷检的基因表达谱分析识别出了2型高哮喘内型，其定义为由2型细胞因子驱动的过度气道炎症，约在50%的受试者中发现。重要的是，对吸入性糖皮质激素治疗的反应仅限于这种2型高内型。2型高哮喘内型分型的临床实用性以及其他内型的发现一直受到限制，因为需要进行侵入性支气管镜检查以获取支气管刷检物进行分析。此外，研究性支气管镜检查无法在儿童中进行。需要侵入性较小的方法来识别哮喘内型。

为此，我们发现，通过微创鼻气道黏膜刷检的基因表达谱分析，可以识别出2型高表达哮喘内型。此外，我们还发现，2型细胞因子IL-13（4）在鼻腔中的高表达与波多黎各人哮喘急性发作风险增高相关，而波多黎各人群在美国拥有最高的哮喘发病率和死亡率。在此，我们提议利用来自患有哮喘的波多黎各儿童的鼻气道黏膜刷检样本进行全转录组测序，以识别2型高表达及其他哮喘内型，这些内型与疾病严重程度及药物反应相关。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。