过敏与哮喘中过敏原特异性T细胞的单细胞转录组分析 [scRNA-Seq]

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE146170

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

对常见过敏原产生反应的CD4+辅助性T细胞（TH）和调节性T细胞（Treg）在哮喘患者气道炎症的驱动和抑制中发挥重要作用。直到最近，对过敏原反应性TH和Treg细胞进行直接、无偏倚的分子分析仍无法实现。为更好地理解这些T细胞亚群在过敏和哮喘中的多样性，我们分析了来自屋尘螨（HDM）过敏性哮喘患者以及三个对照组（无HDM过敏的哮喘患者、有和无HDM过敏的非哮喘者）约50,000个HDM过敏原反应性TH细胞和Treg细胞的单细胞转录组。我们的分析表明，HDM过敏原反应性TH和Treg细胞具有高度异质性，且某些亚群在HDM反应性哮喘受试者中存在数量和质量上的差异。与有HDM过敏的非哮喘者相比，哮喘患者中表达白细胞介素（IL）-9的HDM反应性TH细胞数量更多，并表现出增强的致病特性。与有HDM过敏者相比，无HDM过敏的哮喘患者中存在更多表达干扰素反应特征（THIFNR和TregIFNR）的HDM反应性TH和Treg细胞。

在这些亚群（THIFNR和TregIFNR）的细胞中，TNFSF10的表达富集；其产物TRAIL抑制TH细胞的活化。这些发现表明，THIFNR和TregIFNR亚群可能抑制过敏性反应，这可能有助于解释为什么只有部分人对几乎无处不在的过敏原产生TH2反应。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。