TGF-β驱动成纤维细胞向肌成纤维细胞转化的RNA-Seq基因与通路分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE110021

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

背景：哮喘是全球儿童和青年中最常见的慢性肺部疾病。气道重塑（包括因慢性炎症导致气道壁中成纤维细胞和肌成纤维细胞增多）可将哮喘性与非哮喘性气道区分开来。气道成纤维细胞和肌成纤维细胞的增加通过上皮-间质转化（EMT）发生，其中上皮细胞失去其紧密连接并转分化为间质细胞，而肌成纤维细胞的进一步增加则通过成纤维细胞-肌成纤维细胞转化（FMT）发生。转化生长因子（TGF）-β是诱导EMT和FMT的核心细胞因子。在本研究中，我们使用下一代测序技术来描绘TGF-β处理后在短期以及分化为肌成纤维细胞后所诱导的成纤维细胞转录组变化，以了解TGF-β诱导的转分化对哮喘表型的贡献。通过定量PCR（qPCR）对RNAseq分析获得的数据进行了验证。

结果：正如预期，我们发现，经处理后，编码TGF-β信号通路中间分子（SMADs）的基因存在差异表达；与成纤维细胞相比，肌成纤维细胞中参与细胞骨架通路的基因（FN1、LAMA、ITGB1）存在差异表达。重要的是，先前已被证明在哮喘肺中发生改变的基因（ADAMTS1、DSP、TIMPs、MMPs）在肌成纤维细胞中存在差异表达，这强烈提示TGF-β介导的成纤维细胞向肌成纤维细胞分化可能是哮喘气道重要改变的基礎。我们还发现了与成纤维细胞相比在肌成纤维细胞中发生改变的新的信号通路（AKT、PTEN）。结论：我们发现大量基因在TGF-β处理诱导成纤维细胞向肌成纤维细胞分化后发生改变，其中许多是预期或预测会改变的。然而，我们也识别出了新的基因，并且

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。