欧洲温血马严重马哮喘相关eQTL发现数据集
该数据集来自omicsdi.org，聚焦欧洲温血马严重马哮喘（RAO）的遗传学研究。研究对两个半同胞家系和一个无关队列的外周血单核细胞（PBMCs）在四种刺激条件下进行全基因组关联分析，识别基因型与基因表达加性变化之间的关联，即eQTL
基本信息
资源简介
欧洲温血马严重马哮喘相关eQTL发现数据集
该数据集来自 omicsdi.org，聚焦欧洲温血马严重马哮喘（RAO）的遗传学研究。严重马哮喘又称复发性气道阻塞（RAO），是一种使马匹衰弱、限制运动表现的阻塞性呼吸系统疾病，其表型与人类哮喘相似。研究在基因组范围内搜索基因型与基因表达加性变化之间的关联，即表达数量性状位点（eQTL）。分析对象为两个半同胞家系和一个无关队列的外周血单核细胞（PBMCs），细胞在四种条件下接受刺激：无刺激（MCK）、脂多糖（LPS）、重组圆线虫抗原（RCA）和干草粉尘提取物（HDE）。研究识别出高置信度 eQTL，这些 eQTL 不违反线性建模假设，也不是由严重影响显著性的单个离群个体所致。该数据集的主题标签为 Genomics，本站分类归入呼吸系统疾病 / 哮喘。
【数据集背景】
严重马哮喘（RAO）是一种使马匹衰弱、限制运动表现的阻塞性呼吸系统疾病，其表型与人类哮喘相似。该研究以此为疾病背景，从遗传学角度切入，在基因组范围内寻找基因型与基因表达加性变化之间的关联，即表达数量性状位点（eQTL），以期为理解该疾病的遗传调控机制提供线索。研究关注的是欧洲温血马群体中的严重马哮喘问题。
【数据内容】
数据集的核心内容是针对外周血单核细胞（PBMCs）在四种刺激条件下产生的基因表达与基因型关联分析结果。四种条件分别为：无刺激（MCK）、脂多糖（LPS）、重组圆线虫抗原（RCA）和干草粉尘提取物（HDE）。研究识别出高置信度 eQTL，这些 eQTL 不违反线性建模假设，也不是由严重影响显著性的单个离群个体所致。在 PBMCs 的四种处理中，平均识别出 4347 个高置信度 eQTL，并发现两个反式调控（trans regulatory）相关结果。数据集主题标签为 Genomics。
【采集与来源】
数据来源于 omicsdi.org。研究对象为欧洲温血马，包括两个半同胞家系和一个无关队列。所分析的生物样本为外周血单核细胞（PBMCs），这些细胞在无刺激（MCK）、脂多糖（LPS）、重组圆线虫抗原（RCA）和干草粉尘提取物（HDE）四种条件下进行刺激处理。其余采集时间、地点及具体流程等信息源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于呼吸系统疾病特别是哮喘相关的遗传学研究，尤其是马严重哮喘（RAO）的 eQTL 分析；也可用于比较不同刺激条件下（MCK、LPS、RCA、HDE）外周血单核细胞的基因表达调控差异，以及开展基因型与基因表达加性变化的关联研究。由于该疾病表型与人类哮喘相似，相关分析结果亦可作为跨物种比较研究的参考素材。
【使用方法】
源站未提供。
【质量与限制】
研究对 eQTL 设置了高置信度标准：不违反线性建模假设，且不是由严重影响显著性的单个离群个体所致。除此之外，样本量、统计效力、人群代表性等方面的具体限制信息源站未提供。
【引用与许可】
源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
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使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/eva/PRJEB23301
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
重度马哮喘，又称复发性气道阻塞（RAO），是一种使马衰弱、限制运动能力的阻塞性呼吸系统疾病，其表型与人类哮喘相似。我们在全基因组范围内搜索了基因型与基因表达加性变化之间的关联，即表达数量性状位点（eQTL）。我们分析了来自两个半同胞家系和一个无关队列的外周血单个核细胞（PBMC），这些细胞在四种条件下受到刺激：无刺激（MCK）、脂多糖（LPS）、重组圆线虫抗原（RCA）和干草粉尘提取物（HDE）。我们鉴定出了高置信度的eQTL，这些eQTL不违反线性建模假设，也不是由严重影响显著性的单个离群个体所致。平均而言，我们在PBMC的四种处理中鉴定出4347个高置信度eQTL，发现了两个反式调控热点，其调控的基因参与相关的生物学通路，并鉴定出与先前RAO相关疾病SNP紧密连锁的单核苷酸多态性（SNP），这些SNP调控地塞米松诱导蛋白（DEXI）的基因表达。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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