慢性肺病下呼吸道微生物组支气管镜研究：抗菌药物耐药基因与抗生素使用数据

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5061/dryad.g1jwstr48

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数据集大小约 190.4 KB。

数据说明

背景：呼吸道微生物组中的抗菌药物耐药基因（ARGs）特征尚不明确。我们在一项横断面研究中比较了健康对照者与慢性肺病患者中ARGs的存在情况，并对自抗生素使用以来的时间进行了校正。方法：收集了100例对照者、93例COPD患者、13例哮喘患者、34例结节病患者、12例特发性肺纤维化（IPF）患者和11例无法分类的间质性肺病（uILD）患者的支气管肺泡灌洗液。参与者在采样前14天内未使用抗生素。使用Illumina NovaSeq进行鸟枪法宏基因组测序。使用国家抗菌药物耐药生物数据库鉴定ARGs。样本读数归一化为每百万计数。结果：总体上，38%的对照者至少携带一种ARG，而COPD、哮喘、结节病和IPF患者中这一比例分别为51%、39%、65%和83%（p=0.01）。针对四环素的ARGs（33%）是最常见的ARG类别，其次是β-内酰胺类和大环内酯类耐药（均为26%）。

在一项针对性别、年龄、身体成分、吸烟和抗生素使用进行调整的logistic回归分析中，与对照组相比，下呼吸道携带ARGs的OR（95%CI）在COPD中为1.30（0.70-2.41），在哮喘中为1.00（0.29-3.52），在结节病中为3.52（1.40-8.83），在IPF中为6.40（1.25-32.73），在uILD中为3.27（0.76-14.16）。在支气管镜检查前≤3个月使用过抗生素的35名受试者中，每百万ARGs的总平均（SD）计数为403.8（537.7），而未使用抗生素的228名受试者为197.6（355.9）（p=0.02）。结论：结节病和IPF患者下呼吸道微生物组中ARGs的存在显著高于对照组。每百万ARGs计数与近期抗生素使用显著相关。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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