整合常见与罕见变异提升多人群多基因风险预测的数据
该数据集来自 search.dataone.org,属于呼吸道疾病/哮喘分类,包含支持“整合常见与罕见变异提升多人群多基因风险预测”研究的衍生可共享输出

基本信息
资源简介
整合常见与罕见变异提升多人群多基因风险预测的数据
Data for Integrating Common and Rare Variants Improves Polygenic Risk Prediction Across Diverse Populations
该数据集来自 search.dataone.org,属于呼吸道疾病/哮喘分类,包含支持“整合常见与罕见变异提升多人群多基因风险预测”研究的衍生可共享输出。内容涵盖常见变异 GWAS 汇总统计、常见变异 PRS 权重文件(RICE-CV 最终得分)、罕见变异 PRS 系数表(基因/变异集层面的 RICE-RV 权重)、用于基因/区域发现和诊断图的罕见变异关联检验(RVAT)汇总统计,以及 Figure R2 的源数据。文件按队列/来源(UK Biobank WGS、UK Biobank 插补基因型、All of Us)和性状组织,均为制表符分隔的 gzip 压缩文本文件,不含个体级基因型或表型数据(来源 DataONE)。
【数据内容】
源站描述(机器翻译,仅供参考):本存储库包含支持手稿“Integrating Common and Rare Variants Improves Polygenic Risk Prediction Across Diverse Populations”中分析的衍生、可共享输出。该存储库包括(1)常见变异的 GWAS 汇总统计,(2)常见变异 PRS 权重文件(RICE-CV 最终得分),(3)罕见变异 PRS 系数表(基因/变异集层面的 RICE-RV 权重),(4)用于基因/区域层面发现和诊断图的罕见变异关联检验(RVAT)汇总统计,以及(5)Figure R2 的源数据。所有文件均以制表符分隔的 gzip 压缩文本文件(.tsv.gz)提供,并按队列/来源(UK Biobank WGS、UK Biobank 插补基因型、All of Us)和性状组织。不包含个体级基因型或表型数据;底层参与者级数据集仅可通过各自
【主题与分类】
主题标签:Medicine, Health and Life Sciences。本站分类:呼吸道疾病/哮喘。
【获取与许可】
源站页面:https://search.dataone.org/view/sha256%3Ae0df0f5a750778e94fb97d1b1c482254f9f167850cfee96b2c6a8a974404496a
下载信息
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使用方式
数据集获取
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- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本数据存储包含支持手稿《整合常见与罕见变异可提升跨多样人群的多基因风险预测》中分析的可共享衍生结果。该资源库包括:(1) 常见变异的GWAS汇总统计量,(2) 常见变异PRS权重文件(RICE-CV最终评分),(3) 罕见变异PRS系数表(基因/变异集水平的RICE-RV权重),(4) 用于基因/区域水平发现和诊断图的罕见变异关联测试(RVAT)汇总统计量,以及(5) 图R2的源数据。所有文件均以制表符分隔的gzip压缩文本文件(.tsv.gz)形式提供,并按队列/来源(UK Biobank WGS、UK Biobank插补基因型、All of Us)和性状进行组织。不包含个体水平的基因型或表型数据;底层参与者水平数据集仅可通过各自受控访问平台获取。每个文件集均包含一个manifest.tsv,记录文件来源(输入)、输出文件名、记录数及关键格式参数。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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