输出数据集:源自TCGA-BRCA、用于三阴性乳腺癌分析的处理后对抗敏感性图与训练模型

该数据集是TCGA-BRCA三阴性乳腺癌多模态对抗敏感性分析的输出,以FGSM和PGD为探针。含5个病理图像分类器、2个基因表达分类器、A2/E2患者敏感性图、校正表达矩阵、患者划分、统计与通路富集、生存及图表

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浏览 43
医学影像分类Computer and Information ScienceMedicine, Health and Life Sciences
Output Dataset: Processed Adversarial Sensitivity Maps and Trained Models Derived from TCGA-BRCA for Triple Negative Breast Cancer Analysis

基本信息

模态
医学影像
大小
0.988636404 GB
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-01

资源简介

输出数据集:源自TCGA-BRCA、用于三阴性乳腺癌分析的处理后对抗敏感性图与训练模型

Output Dataset: Processed Adversarial Sensitivity Maps and Trained Models Derived from TCGA-BRCA for Triple Negative Breast Cancer Analysis

该数据集是TCGA-BRCA三阴性乳腺癌多模态对抗敏感性分析的输出,以FGSM和PGD为探针。含5个病理图像分类器、2个基因表达分类器、A2/E2患者敏感性图、校正表达矩阵、患者划分、统计与通路富集、生存及图表。原始图像和表达数据未包含,需从README来源获取;数据源自TCGA、GEO、BreakHis和METABRIC。未收集新患者数据,无需IRB批准(来源 DOI 解析)。

【数据集背景】

源站首次发布:2026。

【数据内容】

源站描述(机器翻译,仅供参考):本数据集包含对三阴性乳腺癌(TNBC)进行多模态对抗敏感性分析后得到的处理后输出结果,该分析使用FGSM和PGD对抗攻击作为生物学探针。其中包括五个训练好的组织病理学图像分类器(ResNet50和EfficientNet变体)、两个基因表达分类器(随机森林和XGBoost)、针对TCGA-BRCA-A2和TCGA-BRCA-E2队列的逐患者对抗敏感性图、ComBat批次校正后的基因表达矩阵、患者划分、统计分析结果、通路富集输出结果、生存数据以及所有图表。原始图像和表达数据未包含在内,必须从README中列出的原始公共来源获取。所有处理后输出均源自公开可用的TCGA、GEO、BreakHis和METABRIC数据集。未开展人类受试者研究。本研究仅使用了来自TCGA、GEO、BreakHis和METABRIC的去标识化、公开可用的癌症基因组学和组织病理学数据。未收集新的患者数据。无需IRB批准。

【主题与分类】

主题标签:Computer and Information Science、Medicine, Health and Life Sciences。本站分类:肿瘤/乳腺癌。

【获取与许可】

源站页面:https://dataverse.harvard.edu/citation?persistentId=doi:10.7910/DVN/VWT2W8

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使用方式

数据集获取

源站:https://doi.org/10.7910/DVN/VWT2W8

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 988.6 MB。

数据说明

本数据集包含对三阴性乳腺癌(TNBC)进行多模态对抗敏感性分析后得到的处理后输出结果,该分析使用FGSM和PGD对抗攻击作为生物学探针。其中包括五个训练好的组织病理学图像分类器(ResNet50和EfficientNet变体)、两个基因表达分类器(随机森林和XGBoost)、针对TCGA-BRCA-A2和TCGA-BRCA-E2队列的逐患者对抗敏感性图、ComBat批次校正后的基因表达矩阵、患者划分、统计分析结果、通路富集输出结果、生存数据以及所有图表。原始图像和表达数据未包含在内,必须从README中列出的原始公共来源获取。所有处理后输出均源自公开可用的TCGA、GEO、BreakHis和METABRIC数据集。未开展人类受试者研究。本研究仅使用了来自TCGA、GEO、BreakHis和METABRIC的去标识化、公开可用的癌症基因组学和组织病理学数据。未收集新的患者数据。无需IRB批准。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

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