哮喘支气管活检RNAseq差异表达数据集
该数据集来自omicsdi.org，聚焦持续性哮喘、缓解期哮喘与健康对照者支气管活检的差异表达，采用RNAseq技术。共184个样本通过QC，使用TruSeq Stranded Total RNA建库试剂盒，在自动化流程中去除细胞质和线粒体rRNA，cDNA片段文库以多样本混合上样至Illumina
基本信息
资源简介
哮喘支气管活检RNAseq差异表达数据集
该数据集来自omicsdi.org，聚焦持续性哮喘、缓解期哮喘与健康对照者支气管活检的差异表达，采用RNAseq技术。共184个样本通过QC，使用TruSeq Stranded Total RNA建库试剂盒，在自动化流程中去除细胞质和线粒体rRNA，cDNA片段文库以多样本混合上样至Illumina HiSeq2500进行双端测序。数据以221对FASTQ文件提供，部分样本关联多次测序运行。可用于哮喘相关基因表达差异分析与分类研究（来源 omicsdi.org）。
【数据内容】
源站描述（机器翻译，仅供参考）：该研究聚焦于持续性哮喘、缓解期哮喘和健康对照者支气管活检之间的差异表达，使用RNAseq。共有184个样本通过QC。RNA样本使用TruSeq Stranded Total RNA Sample Preparation Kit（Illumina, San Diego, CA）处理，采用Caliper Sciclone NGS Workstation（PerkinElmer, Waltham, MA）上的自动化流程。在此流程中，所有细胞质和线粒体rRNA均被去除（RiboZero Gold kit）。获得的cDNA片段文库以多样本混合形式上样至Illumina HiSeq2500测序仪，使用默认参数进行双端测序（2 × 100 bp）。数据以221对FASTQ文件形式提供。请注意，若干样本关联多次测序运行。
【主题与分类】
主题标签：Genomics。本站分类：呼吸系统疾病/哮喘。
【获取与许可】
源站页面：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001005112
下载信息
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使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/ega/EGAD00001005112
标准获取流程：
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- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
本研究的重点是利用RNAseq技术，探究持续性哮喘、缓解期哮喘与健康对照组之间支气管活检样本的差异表达。共有184份样本通过了质量控制。RNA样本采用TruSeq Stranded Total RNA Sample Preparation Kit（Illumina，圣地亚哥，加利福尼亚州）处理，并通过Caliper Sciclone NGS Workstation（PerkinElmer，沃尔瑟姆，马萨诸塞州）自动化流程操作。此过程中，所有细胞质和线粒体rRNA均被移除（使用RiboZero Gold试剂盒）。获取的cDNA片段文库以多样本混合池的形式，使用默认参数在Illumina HiSeq2500测序仪上进行双端测序（2×100 bp）。数据以221对FASTQ文件形式提供。需要注意的是，部分样本关联了多次测序运行。
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