今日家庭生活中的哮喘(ALOFT)

社会互动和整体心理社会环境已被证明对健康有影响,尤其是对居住在城市弱势地区的人群。在此,我们研究了心理社会经历对底特律大都会区251名哮喘儿童外周血免疫细胞基因表达的影响

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基因组预测哮喘呼吸系统疾病心理社会环境基因表达RNA-sequencing纵向研究儿童健康
Asthma in the Lives of Families Today (ALOFT)

基本信息

模态
基因组
任务类型
预测
创建/更新时间
2026-10-21
版本
4

资源简介

今日家庭生活中的哮喘(ALOFT)

ALOFT(Asthma in the Lives of Families Today)是一项聚焦家庭社会心理环境与儿童哮喘关系的纵向研究数据集,其核心关注点在于社会互动和整体心理社会环境对健康的影响,尤其是对居住在城市弱势地区人群的影响。该研究以底特律大都会区251名哮喘儿童为对象,考察心理社会经历对外周血免疫细胞基因表达的作用。研究依托一项持续进行的纵向研究项目,参与者招募时间为2010年11月至2018年7月。ALOFT项目建立的目的是识别家庭社会环境通过哪些行为与生物学通路影响患哮喘的青少年。在版本1中,研究团队使用RNA测序和一种新的机器学习方法,识别了包括心理社会因素、血细胞组成和哮喘症状在内的19个变量的转录特征,并利用部分参与者收集的纵向数据展示了相关发现。该数据集由Zilioli, Samuele提交,机构来源为NHLBI BioData Catalyst,发布时间为2024年,在分类上归属于呼吸系统疾病下的哮喘方向。

【数据集背景】

社会互动与整体心理社会环境已被证明对健康具有影响,对于居住在城市弱势地区的人群而言这一影响尤为突出。哮喘作为一种常见的呼吸系统疾病,其发生发展不仅涉及生物学机制,也可能受到家庭社会环境的影响。ALOFT项目正是为识别家庭社会环境通过何种行为与生物学通路影响患哮喘青少年而建立的。该研究将研究场景置于底特律大都会区,聚焦251名哮喘儿童,试图从心理社会经历与基因表达的关联角度理解环境因素在哮喘中的作用。

【数据内容】

该数据集的核心内容围绕心理社会经历对哮喘儿童外周血免疫细胞基因表达的影响展开。在版本1中,研究使用RNA测序数据,并结合一种新的机器学习方法,识别了19个变量的转录特征,这些变量涵盖心理社会因素、血细胞组成以及哮喘症状三类。研究还利用从部分参与者中收集的纵向数据展示了相关发现。数据集所属分类为呼吸系统疾病/哮喘,英文名称为Asthma in the Lives of Families Today (ALOFT)。

【采集与来源】

参与者来自一项持续进行的纵向研究,即Asthma in the Lives of Families Today(ALOFT),招募时间为2010年11月至2018年7月,研究地点为底特律大都会区,纳入对象为251名哮喘儿童。数据来源站为doi.org。数据集作者为Zilioli, Samuele,机构为NHLBI BioData Catalyst,发布时间为2024年。

【适用场景】

基于现有信息,该数据集适用于研究心理社会经历与哮喘儿童外周血免疫细胞基因表达之间的关系,也适用于涉及心理社会因素、血细胞组成与哮喘症状等多变量转录特征分析的研究场景。其纵向研究设计特征可用于考察随时间变化的相关发现。其他具体应用场景源站未提供。

【使用方法】

源站描述提及版本1中使用RNA测序和一种新的机器学习方法识别19个变量的转录特征,并利用部分参与者的纵向数据展示发现。关于数据的具体访问方式、文件格式、预处理步骤和分析流程,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集基于251名来自底特律大都会区的哮喘儿童,属于特定地区与特定人群的样本。源站描述仅涉及版本1的部分内容,且部分结果基于参与者子集的纵向数据。关于样本代表性、数据完整性、缺失情况及其他质量指标,源站未提供。

【引用与许可】

数据集作者为Zilioli, Samuele,机构为NHLBI BioData Catalyst,发布时间为2024年,来源站为doi.org。关于具体的引用格式与许可条款,源站未提供。

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源站:https://doi.org/10.60645/bdc-gy73-2970

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

社会互动及整体心理社会环境已被证实对健康具有影响,对于居住在城市弱势地区的人群尤为如此。本研究考察了心理社会经历对底特律大都会区251名哮喘儿童外周血免疫细胞基因表达的影响。参与者来自一项正在进行的纵向研究——“今日家庭生活中的哮喘”(Asthma in the Lives of Families Today,ALOFT;招募时间为2010年11月至2018年7月)。ALOFT项目旨在识别家庭社会环境对哮喘青少年产生影响的行为与生物学通路。在第1版中,我们采用RNA测序和一种新的机器学习方法,识别了19个变量的转录特征,包括心理社会因素、血细胞组成和哮喘症状。利用从部分参与者中收集的纵向数据,我们证明转录特征能够追踪所测表型的纵向变化。重要的是,我们发现了169个与哮喘相关且受心理社会因素调控的基因,以及344个基因表达水平上显著的基因-环境交互作用。

这些结果表明,免疫基因表达介导了负面心理社会经历与哮喘风险之间的联系。在第2版中,我们聚焦于青春期发育。我们识别出与年龄和青春期发育相关的显著基因表达变化。我们证明,遗传对基因表达的影响在青春期发育过程中动态变化。青春期的基因表达变化与哮喘相关的基因表达变化相关,并可能解释患病率的性别差异。我们的结果表明,用于研究早发性疾病遗传学的分子数据应将青春期发育视为修饰转录组的重要因素。第3版使用单细胞RNA-seq研究活化

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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