前庭神经鞘瘤、非前庭神经鞘瘤与正常神经组织的基因表达数据(RNA测序)

该数据集是一个包含前庭神经鞘瘤、非前庭神经鞘瘤以及健康神经组织样本的基因表达数据集,数据模态为RNA测序(RNA-Seq)产生的转录组序列数据(fastq格式),主要用于神经鞘瘤的分子机制研究、差异基因表达分析和生物标志物发现,为神经肿瘤领域的精准医学研究提供关键数据支持。

DIGITAL.CSIC
2025-03-27 更新
浏览 38
Expresión génicaSecuenciación masivaSchwannoma vestibularNervio sano
Gene expression data (RNA-Seq) of Vestibular Schwannomas, Non-Vestibular Schwannoma and normal nerve

基本信息

创建/更新时间
2025-03-27

资源简介

前庭神经鞘瘤、非前庭神经鞘瘤与正常神经组织的基因表达数据(RNA测序)

【一句话概览】

本数据集是 digital.csic.es 公开数据集,主题涵盖 Expresión génica、Secuenciación masiva、Schwannoma vestibular、Nervio sano。

【数据集背景】

本数据集源站标题为《Gene expression data (RNASeq) of Vestibular Schwannomas, Non-Vestibular Schwannoma and normal nerve》。源站首次发布:2025-03-27。

【数据内容】

源站原始描述:Los datos depositados contienen los resultados de la secuenciación masiva del ARN total aislado a partir de 63 schwannomas vestibulares, 4 schwannomas de nervios distintos al nervio vestibular (VS11, VS33, VS34 y VS74) y 7 fragmentos de diferentes nervios sanos (VS56, VS58, VS65, VS66, VS67, VS68, VS99). Los fragmentos de VS conservados en RNAlater® a -80°C se trataron con el reactivo de lisis Qiazol para la extracción de ARN utilizando el mini kit RNeasy (Qiagen, 50974106) siguiendo las instruc…

【主题与分类】

主题标签:Expresión génica、Secuenciación masiva、Schwannoma vestibular、Nervio sano。

【获取与许可】

源站页面:https://digital.csic.es/handle/10261/384863

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源站:https://digital.csic.es/handle/10261/384863

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  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集是一个公开的基因表达数据集,包含通过RNA测序(RNA-Seq)技术获取的转录组数据。数据来源于63个前庭神经鞘瘤样本、4个非前庭神经鞘瘤样本(VS11、VS33、VS34、VS74)以及7个健康神经组织样本(VS56、VS58、VS65、VS66、VS67、VS68、VS69)。样本均保存在RNAlater®中,使用Qiazol裂解试剂和Qiagen RNeasy mini kit提取总RNA,仅选用RNA完整性指数(RIN)大于7的高质量RNA进行测序。测序在Illumina NovaSeq X Plus平台上完成,采用PE150(双端150bp)测序策略,原始数据以fastq格式提供。该数据集主要用于研究前庭神经鞘瘤的分子特征、差异基因表达分析、肿瘤发生机制探索以及潜在的生物标志物发现,为神经肿瘤学和精准医学研究提供重要资源。

数据加载示例(表格/文本类)

import pandas as pd, glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))

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