小鼠痤疮耳部皮肤微生物16s检测数据集

小鼠耳部接种 P. acnes 并用 P. acnes 处理。处理后采集耳部皮肤微生物进行 16s 测序,以比较微生物组成的差异

ena
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基因组分类16s测序皮肤微生物痤疮P. acnes小鼠模型耳部皮肤
PRJDB34810: 16s assay of the auricular skin microbiota in mice with acne (PRJCA037243)

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-14

资源简介

小鼠痤疮耳部皮肤微生物16s检测数据集

PRJDB34810 是一个关于小鼠耳部皮肤微生物的 16s 测序数据集,全称为“16s assay of the auricular skin microbiota in mice with acne”,对应编号 PRJCA037243。该数据集来源于 ebi.ac.uk,在本站被归类于“症状、体征与临床所见 / 其他”类别。根据源站描述,研究围绕小鼠耳部接种与处理痤疮丙酸杆菌(P. acnes)展开,并在处理后采集耳部皮肤微生物样本进行 16s 测序,以比较微生物组成的差异。该数据集的核心价值在于提供与痤疮相关动物模型下耳部皮肤微生物群落的 16s 测序信息,可用于观察在 P. acnes 接种及处理条件下,耳部皮肤微生物组成可能发生的变化。整体而言,该数据集属于以小鼠为实验对象、以耳部皮肤为采样部位、以 16s 测序为技术手段的微生物组研究数据。

【数据集背景】

该数据集关注的是痤疮相关条件下的小鼠耳部皮肤微生物。源站描述指出,小鼠耳部被接种 P. acnes,并接受 P. acnes 处理。痤疮是一种常见的皮肤问题,而 P. acnes 是与之密切相关的微生物之一。通过在小鼠耳部建立与 P. acnes 相关的实验条件,研究者可以采集耳部皮肤微生物,并借助 16s 测序分析微生物组成的变化。该数据集的英文名称明确指向“mice with acne”,说明其背景与痤疮动物模型相关。本站将其归入“症状、体征与临床所见 / 其他”,表明该数据可能与临床症状、体征或相关观察存在关联,但具体归类依据源站未提供。

【数据内容】

该数据集的内容为 16s 测序数据,测序对象是处理后采集的小鼠耳部皮肤微生物。源站描述提到,处理后采集耳部皮肤微生物进行 16s 测序,以比较微生物组成的差异。因此,数据内容应涉及耳部皮肤微生物的 16s 序列信息,并可能包含用于比较不同处理或不同组别之间微生物组成差异的数据。关于样本数量、测序平台、序列读长、具体分析结果、微生物分类单元等信息,源站未提供。

【采集与来源】

数据来源站为 ebi.ac.uk。采集过程在源站描述中有所体现:小鼠耳部接种 P. acnes,并接受 P. acnes 处理;处理后,采集耳部皮肤微生物用于 16s 测序。采样部位为耳部皮肤,实验对象为小鼠。关于采集时间点、采集方法、样本保存方式、伦理审批信息、实验重复次数等,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于与痤疮相关皮肤微生物研究、小鼠耳部皮肤微生物组分析、16s 测序数据比较等场景。由于源站描述强调比较微生物组成的差异,该数据可用于探索在 P. acnes 接种和处理条件下,耳部皮肤微生物组成是否发生变化。它也可能适用于微生物组学方法学参考、动物模型下的皮肤微生物研究,以及与本数据集实验条件相近的比较分析。关于具体适用疾病、临床转化或药物评价等场景,源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过来源站 ebi.ac.uk 获取,具体访问方式、下载链接、文件格式、数据量、分析流程等,源站未提供。使用时应依据 16s 测序数据的常规处理方式进行分析,例如序列质量控制、聚类或扩增子序列变异分析、多样性分析及组成比较等。但该数据集的具体分析步骤、推荐软件、参数设置等,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集基于小鼠耳部皮肤微生物的 16s 测序,具有动物实验和特定采样部位带来的局限性。源站描述未提供样本量、测序深度、对照设置、批次效应、污染控制、统计方法等信息,因此无法评估其数据质量与偏倚风险。该数据集仅涉及耳部皮肤微生物,不能直接外推到其他部位或其他物种。关于数据完整性、重复性、验证情况等,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ebi.ac.uk,英文名称为 PRJDB34810: 16s assay of the auricular skin microbiota in mice with acne (PRJCA037243)。关于引用方式、许可协议、使用限制、联系方式等,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJDB34810

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

小鼠耳部接种痤疮丙酸杆菌(P. acnes),并以痤疮丙酸杆菌进行治疗。治疗后,收集耳部皮肤微生物进行16S测序,以比较微生物组成的差异。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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