多模态分析揭示由流动和硫酸乙酰肝素调控的不同内皮激活通路

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3A9be1a0c81ec8df8199efa44466acda84d53a7d54eaa916b97ee17aa897e01e28

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

本数据集包含支持手稿《多模态分析揭示由流动和硫酸乙酰肝素调控的独特内皮激活通路》（Harding, O’Hare等，2025）的原始及处理后定量输出结果。数据量化了四种实验条件下内皮的炎症和氧化应激反应：（1）静态，（2）均匀流动（12 dyn/cm²），（3）静态+肝素酶III，（4）流动+肝素酶III。电子表格汇总了共聚焦免疫荧光成像、Western blot密度测定、活性氧（ROS）检测以及RNA测序的结果。量化的变量包括蛋白质标志物（KLF2、ICAM-1、E-选择素、Nrf2和Nf-κB p65）的平均荧光强度（MFI）、核定位系数（Nrf2与DAPI的Pearson系数）、Nox4、ICAM-1和β-肌动蛋白的归一化条带强度比值，以及基于荧光的ROS信号（H₂DCFDA和DHE检测）。RNA-seq数据集提供了归一化计数、倍数变化……，概述 电子表格中包含的所有数值均来源于基于图像的荧光分析、Western blot密度测定和RNA-seq差异表达输出结果。

每个样本均按条件（静态、流动、静态 + Hep III、流动 + Hep III）和重复编号进行分类。除标准归一化步骤外，未对数据进行平均或过滤，从而可完全复用于独立统计分析。1. 图像定量（免疫细胞化学和ROS测定）显微镜采集：在每个实验内，使用相同的激光功率、增益和曝光设置采集共聚焦（Zeiss LSM 710/800/880）图像。平均荧光强度（MFI）：对于每种标志物（KLF2、ICAM-1、E-selectin、Nrf2、Nf-κB），使用ImageJ/Fiji选择细胞级感兴趣区域。减去背景荧光，并将积分密度除以面积以得出MFI值。共定位（Nrf2）：Nrf2与DAPI之间的Pearson相关系数

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。