帕金森病患者死后脑黑质转录组表达谱分析
该数据集来自 omicsdi.org，收录了帕金森病患者与正常人死后脑黑质组织的转录组表达谱数据。研究使用 Affymetrix 微阵列对 RNA 进行提取与杂交，其中对照组 9 个重复样本，帕金森病组 16 个重复样本，两组均包含男性和女性
基本信息
资源简介
帕金森病患者死后脑黑质转录组表达谱分析
该数据集为“Transcription profiling of human substantia nigra from postmortem brain of Parkinsons disease patients (PD)”，来源于 omicsdi.org，归类于神经系统疾病下的帕金森病方向，主题标签为 Transcriptomics。数据集收录了帕金森病患者与正常人死后脑黑质组织的转录组表达谱数据，研究利用 Affymetrix 微阵列对样本 RNA 进行提取与杂交，以刻画帕金森病相关的基因表达全局程序。实验设计中，对照组包含 9 个重复样本，帕金森病组包含 16 个重复样本，两组均涵盖男性与女性个体。该数据集可用于比较帕金森病患者与正常对照在黑质组织中的转录组差异，为理解帕金森病的分子机制提供表达谱层面的数据基础。
【数据集背景】
帕金森病是一种神经系统疾病，其病理过程涉及黑质等脑区。该数据集聚焦于帕金森病患者死后脑黑质组织的转录组表达谱，旨在通过微阵列技术详细描绘帕金森病相关的基因表达全局程序。研究背景建立在利用死后脑组织进行表达谱分析的基础上，以探索帕金森病在转录水平上的变化。数据集来源于 omicsdi.org，属于神经系统疾病 / 帕金森病分类，主题标签为 Transcriptomics。
【数据内容】
数据集包含来自正常对照和帕金森病患者的黑质组织转录组表达谱数据。具体而言，研究使用 Affymetrix 微阵列对 RNA 进行提取与杂交，其中对照组有 9 个重复样本，帕金森病组有 16 个重复样本。两组队列均包含男性和女性样本。数据内容的核心是基因表达谱，用于反映黑质组织中全局基因表达程序。源站描述未提供具体的基因列表、表达值矩阵或差异表达分析结果。
【采集与来源】
样本来源于死后脑黑质组织，分别取自正常个体和帕金森病患者。RNA 提取后用于 Affymetrix 微阵列杂交。实验整体设计中，对照组 9 个重复，帕金森病组 16 个重复，两组均包括男性和女性。数据来源站为 omicsdi.org。源站未提供具体的样本采集地点、时间范围、伦理审批信息或捐赠者详细临床信息。
【适用场景】
该数据集适用于帕金森病相关的转录组比较研究，例如分析帕金森病患者与正常对照在黑质组织中的基因表达差异，探索疾病相关的分子通路或表达特征。由于包含男性和女性样本，也可用于考虑性别因素的分析。主题标签为 Transcriptomics，适合转录组学层面的数据挖掘与整合分析。源站未提供其他具体适用场景。
【使用方法】
使用者可基于 Affymetrix 微阵列产生的表达谱数据进行下游分析，如差异表达分析、聚类分析或功能富集分析。分析时需注意对照组与帕金森病组的样本数量差异（9 对 16），以及两组均包含男性和女性。源站未提供具体的数据格式、预处理步骤、标准化方法或分析工具推荐。
【质量与限制】
数据集使用死后脑黑质组织，样本量分别为对照组 9 个重复和帕金森病组 16 个重复，两组均包含男性和女性。源站未提供关于 RNA 质量、微阵列数据质量、批次效应、年龄、病程、用药史或其他潜在混杂因素的信息。因此，使用时应考虑这些未提供信息可能带来的限制。源站未提供质量评估指标或限制说明。
【引用与许可】
源站未提供引用信息或许可条款。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-GEOD-7621
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们采用微阵列技术来详细描绘帕金森病背后基因表达的全局程序。实验总体设计：取自正常人和帕金森病患者死后脑组织的黑质组织用于RNA提取，并在Affymetrix微阵列上进行杂交：对照组使用了9个重复样本，帕金森病患者组则使用了16个重复样本。两个队列均包含了男性和女性。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
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