基于诱导表达人a-syn构建的帕金森小鼠模型23个月脑切片snRNA Visium空间数据
该数据集来自诱导表达人a-syn构建的帕金森小鼠模型，使用23个月龄小鼠，取Bregma 0mm至-5mm脑切片，通过10x Genomics Chromium 3’单细胞文库构建，并在NovaSeq 6000上测序，获得单核RNA数据
基本信息
资源简介
基于诱导表达人a-syn构建的帕金森小鼠模型23个月脑切片snRNA Visium空间数据
该数据集为来源于诱导表达人α-突触核蛋白（a-syn）构建的帕金森病小鼠模型的单核RNA与空间转录组数据，取材自23个月龄小鼠的脑组织切片，切片范围覆盖Bregma 0mm至-5mm。实验采用10x Genomics Chromium 3’单细胞文库构建试剂盒进行文库制备，并在NovaSeq 6000平台上完成测序，最终获得单核RNA数据。该数据集归属于神经系统疾病/帕金森病分类，主题标签为转录组学（Transcriptomics），来源站为omicsdi.org。经过处理的计数矩阵、元数据以及经过过滤、聚类和注释的对象可通过Zenodo获取，对应标识为10.5281/zenodo.14988055。该资源可用于研究帕金森病小鼠模型脑组织的细胞类型组成与转录特征。
【数据集背景】
帕金森病是一种常见的神经系统疾病，其病理特征与α-突触核蛋白的异常聚集密切相关。该数据集基于诱导表达人α-突触核蛋白构建的帕金森小鼠模型，选用23个月龄的小鼠，旨在从单核转录组层面捕捉老年帕金森模型脑组织的分子特征。通过覆盖Bregma 0mm至-5mm的脑切片，该数据集能够反映该解剖范围内多种细胞类型的基因表达状态，为理解帕金森病相关的转录组变化提供基础数据资源。
【数据内容】
该数据集的核心内容为单核RNA数据，来源于23个月龄的诱导表达人α-突触核蛋白构建的帕金森小鼠模型脑组织。数据覆盖Bregma 0mm至-5mm的脑切片区域。经过处理的计数矩阵、元数据以及经过过滤、聚类和注释的对象均已提供，可通过Zenodo获取，标识为10.5281/zenodo.14988055。主题标签为转录组学。除上述内容外，源站未提供关于细胞数量、基因数量、聚类数目或注释细胞类型的具体信息。
【采集与来源】
该数据集的来源站为omicsdi.org。实验使用23个月龄的诱导表达人α-突触核蛋白构建的帕金森小鼠模型，取Bregma 0mm至-5mm的脑切片。文库构建采用Chromium 3’ Single Cell Library Kit（10x Genomics），测序在NovaSeq 6000平台上完成。经过处理的数据对象存放于Zenodo，标识为10.5281/zenodo.14988055。除上述信息外，源站未提供关于具体实验批次、测序深度、组织处理方法或伦理审批的更多细节。
【适用场景】
该数据集适用于帕金森病相关的基础研究，尤其是针对诱导表达人α-突触核蛋白的小鼠模型在23个月龄时的脑组织单核转录组分析。研究人员可利用该数据探索Bregma 0mm至-5mm范围内不同细胞类型的基因表达模式，开展细胞聚类、细胞类型注释、差异表达分析以及与其他帕金森病模型或对照数据的比较研究。主题标签为转录组学，表明其应用方向集中于转录层面的分析。除上述内容外，源站未提供关于具体分析流程或推荐工具的说明。
【使用方法】
经过处理的计数矩阵、元数据以及经过过滤、聚类和注释的对象可通过Zenodo获取，标识为10.5281/zenodo.14988055。用户可基于这些对象进行下游分析，例如细胞类型鉴定、基因表达可视化或差异表达比较。由于源站未提供详细的使用指南或代码示例，具体分析步骤需依据用户自身的研究需求与常用单核RNA数据处理流程进行。除上述内容外，源站未提供关于数据格式、文件结构或软件版本的具体说明。
【质量与限制】
该数据集基于23个月龄的诱导表达人α-突触核蛋白构建的帕金森小鼠模型，取材范围为Bregma 0mm至-5mm，采用10x Genomics Chromium 3’单细胞文库构建与NovaSeq 6000测序，数据经过过滤、聚类和注释处理。然而，源站未提供关于测序质量指标、细胞存活率、双细胞率、批次效应评估或注释可信度的具体信息。此外，该数据集仅涉及单一模型与单一时间点，可能无法全面反映帕金森病的异质性或疾病进展过程。使用时应结合研究目的谨慎解释结果。
【引用与许可】
该数据集的来源站为omicsdi.org，经过处理的数据对象存放于Zenodo，标识为10.5281/zenodo.14988055。除上述信息外，源站未提供关于引用格式、许可协议或使用限制的具体说明。建议用户在使用前查阅Zenodo对应记录以获取引用与许可相关信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-15158
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
我们使用23个月大的、基于可诱导表达人α-突触核蛋白构建体的帕金森病小鼠模型，通过切取前囟0mm至前囟-5mm的脑组织，制备了单核RNA数据集。使用了Chromium 3’单细胞文库构建试剂盒（10x Genomics），并在NovaSeq 6000上进行了测序。经过处理的计数矩阵、元数据以及包含过滤、聚类和注释数据的对象可在Zenodo上找到：10.5281/zenodo.14988055
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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