α-突触核蛋白过表达小鼠肠道神经元单核转录组

数据集获取

源站：https://omicsdi.org/dataset/geo/GSE297092

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

神经元蛋白α-突触核蛋白（αSyn）的过表达是帕金森病（PD）的风险因素，而αSyn聚集促进神经退行性变和运动障碍。αSyn过表达小鼠（Thy1-ASO）重现了许多PD相关表型，如运动缺陷和便秘，后者影响大多数患者。我们试图通过从小鼠肠道中分离神经元核（占细胞总数不到1%），随后进行转录组分析，以深入了解Thy1-ASO小鼠的肠神经系统功能。为了克服在复杂组织中稀有细胞群体基因表达谱分析的难题，我们设计了一种腺相关病毒（AAV），其在组成型神经元启动子控制下在核膜表达荧光蛋白。我们生成了高质量的单核基因表达数据集，揭示了反映4种推测兴奋性运动神经元亚型、2种推测抑制性运动神经元亚型、3种推测中间神经元亚型以及一个推测感觉神经元基因簇群体的转录异质性。

在测试条件下，野生型与Thy1-ASO小鼠结肠神经元中单个基因的表达差异不大。然而，通路分析显示，兴奋性运动神经元中的PI3K通路发生变化（在Thy1-ASO中上调），抑制性运动神经元中的MAPK和雄激素通路发生变化（在Thy1-ASO中上调），以及中间神经元中的WNT通路（在Thy1-ASO中上调）和p53通路（在Thy1-ASO中下调）发生变化。这一数据集可用于理解α-突触核蛋白过表达小鼠肠道运动障碍的生理基础。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。