PMCA扩增的α-synuclein纤维，帕金森病患者来源种子
EMPIAR-11094 PMCA扩增的α-synuclein纤维，帕金森病患者来源种子 595.3 对齐平均的PMCA扩增的α-synuclein纤维，帕金森病患者来源种子显微图像 - 单帧 MRC 6780 1 32 BIT FLOAT 提供的是收集的对齐平均显微图像
基本信息
资源简介
PMCA扩增的α-synuclein纤维，帕金森病患者来源种子
EMPIAR-11094 数据集收录了经 PMCA（蛋白错误折叠循环扩增）技术扩增的 α-synuclein 纤维样品，其种子来源于帕金森病患者。该数据集属于神经系统疾病 / 帕金森病分类，来源站为 ebi.ac.uk。数据集的核心内容为对齐平均的显微图像，共 595.3 幅，以单帧 MRC 格式存储，数据类型为 32 BIT FLOAT。这些图像展示了 PMCA 扩增后的 α-synuclein 纤维的形态特征，为研究帕金森病相关的蛋白聚集提供了直接的显微学数据。数据集提供了对齐平均后的显微图像，有助于在结构生物学和神经退行性疾病研究领域进行后续分析。
【数据集背景】
α-synuclein 是帕金森病中路易小体的主要成分，其异常聚集与疾病发生发展密切相关。PMCA 技术能够在体外模拟蛋白的错误折叠和扩增过程，利用患者来源的种子诱导 α-synuclein 纤维的扩增。该数据集正是基于这一背景，提供了 PMCA 扩增的 α-synuclein 纤维的显微图像，旨在支持对帕金森病相关蛋白纤维结构的研究。数据集分类为神经系统疾病 / 帕金森病，来源站为 ebi.ac.uk，属于 EMPIAR 数据库的一部分。
【数据内容】
数据集包含 595.3 幅对齐平均的显微图像，这些图像记录了 PMCA 扩增的 α-synuclein 纤维，其种子来源于帕金森病患者。图像以单帧 MRC 格式提供，数据类型为 32 BIT FLOAT。对齐平均处理有助于提高图像的信噪比，使纤维的细微结构更清晰。每幅图像均为单帧，未提供多帧叠加或时间序列信息。数据内容聚焦于纤维的形态和排列，未涉及其他类型的实验数据。
【采集与来源】
数据来源于 ebi.ac.uk 的 EMPIAR 数据库，编号为 EMPIAR-11094。样品为 PMCA 扩增的 α-synuclein 纤维，种子来自帕金森病患者。采集方式为显微成像，具体显微技术未在源站描述中明确。图像经过对齐平均处理，以单帧 MRC 格式存储。源站描述中提及“Provided are aligned average micrographs collected”，表明这些图像是收集后的对齐平均结果。其他采集参数如放大倍数、加速电压等，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于研究帕金森病中 α-synuclein 纤维的结构特征，特别是经 PMCA 扩增后的纤维形态。可用于比较患者来源种子与体外重组纤维的差异，或用于方法学开发中的图像分析算法测试。由于数据为对齐平均的显微图像，适合用于纤维直径、周期性等形态参数的测量。也可作为结构生物学中纤维重构的参考数据。但需注意，数据集仅包含图像，不包含原始电影或衍射数据，因此不适用于从头三维重构。
【使用方法】
用户可下载 MRC 格式的单帧图像，使用常见的电子显微镜图像处理软件（如 RELION、EMAN2 或 IMOD）进行查看和分析。由于数据为 32 BIT FLOAT 类型，需确保软件支持该数据类型。对齐平均图像可直接用于二维分类或作为参考进行模板匹配。若需进一步处理，可结合其他 EMPIAR 条目中的原始数据。使用时应遵循源站的使用条款，具体许可信息见引用与许可部分。
【质量与限制】
数据集提供了对齐平均的显微图像，这有助于提升图像质量，但可能丢失部分原始信号中的高频信息。数据仅包含 595.3 幅图像，样本量有限，可能影响统计分析的可靠性。源站未提供分辨率、对比度传递函数等质量指标，也未说明是否存在优选或剔除标准。此外，数据集未包含患者临床信息或种子制备细节，限制了与疾病表型的关联分析。所有未提及的质量参数均源站未提供。
【引用与许可】
引用该数据集时，应参考 EMPIAR 数据库的官方引用格式，并注明数据集编号 EMPIAR-11094。许可信息源站未提供，建议用户访问 ebi.ac.uk 查看具体使用条款。源站描述中未提及任何许可协议或使用限制，因此在使用前需自行确认合规性。对于商业用途或再分发，应直接联系源站获取授权。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/biostudies/studies/EMPIAR-11094
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
EMPIAR-11094 PMCA-amplified α-synuclein fibrils, Parkinson’s Disease patient-derived seeds 595.3 Aligned averages of PMCA-amplified α-synuclein fibrils, Parkinson’s Disease patient-derived seeds micrographs - single frame MRC 6780 1 32 BIT FLOAT Provided are aligned average micrographs collected
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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