生理脑图谱开发

数据集获取

源站：https://clinicaltrials.gov/study/NCT00575081

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

疾病：帕金森病、强迫症、肌张力障碍、特发性震颤、癫痫。目的：1. 利用非刚性MRI标准化算法，创建一个脑图谱，使生理和临床信息能够对应到MRI空间中的解剖位置。这些数据将特别从接受立体定向脑部手术的患者群体中获取。2. 以统计学方式整理和分析放入图谱中的脑数据，使医生能够更精确地基于群体数据理解和治疗脑部疾病。例如，这将使外科医生能够预测DBS植入的最佳靶点位置，神经科医生能够基于多个生理变量（包括术前疾病严重程度、术中神经生理观察结果以及更大受试者群体中对既往治疗的术后反应）来编程植入设备。3. 使精确关系能够在一个匿名化的MRI体积中可视化，这可能在脑科学领域带来跨更大受试者群体的新发现。4.

将所有数据定位在一个符合HIPAA要求的匿名化位置，使临床医生和研究人员能够安全访问，同时不泄露个人医疗信息（PHI）。方案：1. 对于已同意接受或已经接受过任何原因的立体定向脑部手术的患者，将被邀请参与本研究。2. 将征得患者的许可，允许将所有相关数据录入图谱数据库。具体而言，这包括为手术目的而进行的任何及所有相关的术前、术中和术后临床、影像学和心理测试。3. 数据必须以保密方式录入，并存储在数据库中的一个区域内，只有被授权查看患者医疗信息（PHI）的人员才能访问。被授权录入和查看个人PHI的人员必须已参加并通过CITI认证，并出示相关文件

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。