特发性帕金森病成纤维细胞转录组分析

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE326560

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

帕金森病（PD）涉及的分子改变超出中枢神经系统范围。为探究与PD相关的外周转录组特征，我们对来自16例特发性帕金森病患者和13例健康对照者的培养原代皮肤成纤维细胞进行了RNA测序。成纤维细胞来源于打孔活检，在标准化培养条件下扩增，并进行批量RNA测序处理。差异基因表达分析发现PD成纤维细胞中存在广泛的转录改变，包括与细胞周期调控、线粒体功能、氧化应激反应及PI3K–Akt信号通路相关通路的改变。按性别分层分析显示，在出生时指定为女性的参与者样本中，雌激素相关信号通路出现额外富集。若干差异表达基因和通路与既往在死后黑质组织和神经元PD模型中报道的特征呈现趋同。

这些数据表明，原代人皮肤成纤维细胞能够捕捉到与疾病相关的分子过程，并为研究与帕金森病相关的转录改变提供了一个补充系统。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。