帕金森病单细胞分辨率细胞类型特异性响应数据集

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE243639

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

帕金森病（PD）是第二常见的神经退行性疾病。PD的病理标志是中脑黑质致密部（SNpc）多巴胺能神经元的丢失以及聚集态α-突触核蛋白的存在。然而，目前尚不清楚不同细胞类型中病理改变背后的分子机制。在此，我们对15例散发性帕金森病（PD）病例和14例对照者的黑质致密部（SNpc）死后组织进行了单核转录组分析。我们的数据集包含约8万个细胞核，代表了大脑的所有主要细胞类型，使我们能够对这些细胞类型进行转录组水平的表征。重要的是，我们鉴定了每种细胞类型的多个亚群，并描述了亚群特异性基因集，为理解这些亚群的不同作用提供了见解。我们的研究结果揭示了PD样本中神经元细胞的显著减少，同时伴有胶质细胞和T细胞的增加。

亚群分析显示，PD样本中酪氨酸羟化酶（TH）阳性的星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞群体显著减少，表达TH的神经元同样减少。此外，对减少亚群的标记基因分析鉴定出28个重叠基因，包括与多巴胺代谢相关的基因（如ALDH1A1、SLC6A3和SLC18A2）。总体而言，本研究为理解PD中多巴胺能神经元变性和胶质细胞反应所涉及的分子机制提供了宝贵的资源，并揭示了新亚群和细胞类型特异性基因集的存在。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。