E-PROT-65:帕金森病阑尾中自噬-溶酶体系统的表观遗传失活

该数据集围绕帕金森病这一神经系统疾病展开,标题指向帕金森病阑尾中自噬-溶酶体系统的表观遗传失活。Expression Atlas 是欧洲生物信息研究所提供的基因表达数据资源,其中的 Baseline 实验通常用于展示基线状态下的表达信息

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基因组分类Baseline
E-PROT-65: Epigenetic inactivation of the autophagy-lysosomal system in the Parkinson’s disease appendix

基本信息

模态
基因组
任务类型
分类
创建/更新时间
2026-10-01

资源简介

E-PROT-65:帕金森病阑尾中自噬-溶酶体系统的表观遗传失活

E-PROT-65 是一个来源于 ebi.ac.uk 的 Expression Atlas 实验数据条目,英文名称为 Epigenetic inactivation of the autophagy-lysosomal system in the Parkinson’s disease appendix,所属分类为神经系统疾病 / 帕金森病,物种为 Homo sapiens,主题标记为 Baseline。

【数据集背景】

该数据集围绕帕金森病这一神经系统疾病展开,标题指向帕金森病阑尾中自噬-溶酶体系统的表观遗传失活。Expression Atlas 是欧洲生物信息研究所提供的基因表达数据资源,其中的 Baseline 实验通常用于展示基线状态下的表达信息。该数据集被归入神经系统疾病与帕金森病相关分类,说明其主题与帕金森病的生物学研究相关。源站将其描述为 Expression Atlas experiment (Baseline),物种为 Homo sapiens。关于该研究的具体科学假设、实验设计、疾病模型、样本来源、临床信息、研究结论及潜在机制,源站未提供。

【数据内容】

从源站描述可知,该数据集属于 Expression Atlas 实验,类型为 Baseline,物种为 Homo sapiens。其英文名称表明研究主题涉及帕金森病阑尾中的自噬-溶酶体系统表观遗传失活。主题标记为 Baseline,说明它在 Expression Atlas 中被组织为基线表达实验条目。至于具体样本数量、组织类型、细胞类型、供体年龄、性别、发育阶段、处理条件、实验平台、测序或芯片技术、表达矩阵、原始数据、分析结果、差异表达基因、富集分析、通路结果、文件格式与下载内容,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集的来源站为 ebi.ac.uk。其英文名称为 E-PROT-65: Epigenetic inactivation of the autophagy-lysosomal system in the Parkinson’s disease appendix。源站描述为 Expression Atlas experiment (Baseline),物种为 Homo sapiens。所属分类为神经系统疾病 / 帕金森病,主题标记为 Baseline。关于样本采集方法、伦理审批、知情同意、采集地点、采集时间、资助来源、实验操作流程、数据处理流程及质量控制方法,源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于在 EBI Expression Atlas 中检索与帕金森病、阑尾以及自噬-溶酶体系统表观遗传失活相关的基线表达实验条目。它也可作为数据发现、元数据编目、实验条目关联和跨数据集检索的入口信息。对于需要了解该实验在 Expression Atlas 中如何归类、其物种和主题标记的研究人员,该条目具有索引价值。然而,由于源站未提供具体数据内容、样本构成和分析结果,无法据此判断其是否适合差异表达分析、机器学习建模、生物标志物发现、临床诊断支持或药物靶点筛选等具体任务。源站未提供推荐适用场景。

【使用方法】

通常需要通过来源站 ebi.ac.uk 上的 Expression Atlas 实验页面查看该条目。用户可在相应页面中了解实验描述、物种信息和主题标记,并根据源站提供的功能进行浏览或下载。关于下载格式、访问接口、查询参数、分析流程、软件版本、代码示例、数据预处理步骤及结果复现方法,源站未提供。由于缺少具体操作说明,使用前应直接访问源站页面并遵循其指引。源站未提供进一步使用方法。

【质量与限制】

该数据集可确认的信息包括英文名称、来源站、所属分类、物种、源站描述和主题标记。关于数据质量、缺失值比例、批次效应、标准化方法、注释版本、样本代表性、技术重复、生物学重复、验证状态、统计功效及潜在偏差,源站未提供。主题标记为 Baseline,说明其属于基线实验类别;但该条目是否包含疾病组与对照组、时间序列、干预条件或临床终点,源站未提供。因此,在使用该数据集时,应回到源站核实数据内容与适用范围,不宜仅凭标题或分类推断因果机制或临床结论。源站未提供质量与限制说明。

【引用与许可】

该数据集的来源站为 ebi.ac.uk,英文名称为 E-PROT-65: Epigenetic inactivation of the autophagy-lysosomal system in the Parkinson’s disease appendix。关于引用格式、许可协议、使用条款、版权归属、数据访问限制、是否允许商业使用、是否要求注册或登录,源站未提供。使用者应以 ebi.ac.uk 及 Expression Atlas 页面上的正式说明为准,并遵循来源站提出的引用与许可要求。具体引用文本、DOI、版本号和许可标识,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://ebi.ac.uk/gxa/experiments/E-PROT-65

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Expression Atlas 实验(基线)。物种:Homo sapiens。帕金森病阑尾中自噬-溶酶体系统的表观遗传失活

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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