年轻与年老帕金森小鼠模型及对照脑内MACS分离小胶质细胞bulk RNA数据
该数据集来自帕金森病小鼠模型与对照小鼠,覆盖年轻与年老两个年龄段,采用2×2设计,对小胶质细胞进行bulk转录组测序,以解析疾病、年龄及二者交互效应

基本信息
资源简介
年轻与年老帕金森小鼠模型及对照脑内MACS分离小胶质细胞bulk RNA数据
该数据集来自帕金森病小鼠模型与对照小鼠,覆盖年轻与年老两个年龄段,采用2×2设计,对小胶质细胞进行bulk转录组测序,以解析疾病、年龄及二者交互效应。小胶质细胞经酶解脑组织后使用CD11b MicroBeads通过MACS分离,提取总RNA建库,并在Novaseq 6000上以PE150、每样本目标40G测序,每组n=3-4,包含两性,除Sample1外每样本含两只小鼠。数据可用于研究帕金森病与衰老相关的小胶质细胞转录程序变化(来源 omicsdi.org)。
【数据内容】
源站描述(机器翻译,仅供参考):小胶质细胞日益被认为是帕金森病(PD)的活跃驱动因素,参与神经炎症、α-突触核蛋白清除以及多巴胺能神经元丢失。由于衰老是PD最强的风险因素,并独立地将小胶质细胞推向预激活的促炎状态,因此区分年龄相关与疾病相关的转录程序至关重要。目的与流程 本数据集分析了[PD模型]和对照小鼠在[年轻]和[年老]年龄的小胶质细胞bulk转录组(2×2设计),以解析疾病、年龄及交互效应。脑组织经酶解解离,使用CD11b MicroBeads通过MACS分离小胶质细胞,提取总RNA用于bulk RNA-seq文库制备,并在Novaseq 6000上测序。每组n = 3-4。包含两性。除Sample1外所有样本均包含两只小鼠。测序目标为每样本40G PE150。
【主题与分类】
主题标签:Transcriptomics。本站分类:神经系统疾病/帕金森病。
【获取与许可】
源站页面:https://omicsdi.org/dataset/biostudies-arrayexpress/E-MTAB-17136
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pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
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- OpenDataLab:
数据说明
小胶质细胞日益被认为是帕金森病(PD)的主动驱动因素,参与神经炎症、α-突触核蛋白清除以及多巴胺能神经元丢失。由于衰老是PD最强的风险因素,且独立地使小胶质细胞向预激活的促炎状态转变,因此区分年龄相关与疾病相关的转录程序至关重要。目的与工作流程 本数据集对[PD模型]和对照小鼠在[年轻]和[年老]年龄(2×2设计)的小胶质细胞进行批量转录组分析,以解析疾病、年龄及交互效应。脑组织经酶解分离,使用CD11b MicroBeads通过MACS分离小胶质细胞,提取总RNA用于批量RNA-seq文库构建,并在Novaseq 6000上测序。每组n = 3-4。包含两种性别。除Sample1外,所有样本均包含两只小鼠。测序目标为每样本40G,PE150。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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