Flox/SRF-cKO 小鼠胼胝体 TEM 图像

主题标签:神经系统疾病、胼胝体、TEM 图像、小鼠模型、DANDI Archive、神经生理学。本数据集为神经系统疾病领域公开数据集,主题涵盖神经系统疾病。

dandi
2025-05-09 更新
浏览 12
医学影像图像分割神经系统疾病胼胝体TEM 图像小鼠模型DANDI Archive神经生理学
TEM Images of Corpus Callosum in Flox/SRF-cKO Mice

基本信息

模态
医学影像
任务类型
图像分割
创建/更新时间
2025-05-09
版本
0.250511.1527

资源简介

Flox/SRF-cKO 小鼠胼胝体 TEM 图像

TEM Images of Corpus Callosum in Flox/SRF-cKO Mice 是一个公开的神经科学数据集,收录于 DANDI Archive,编号为 dandiset 001350。该数据集属于神经系统疾病领域,以胼胝体为观察对象,采用透射电子显微镜(TEM)图像形式,来源于 Flox/SRF-cKO 小鼠模型。数据集同时被标注为符合 NWB 标准的神经生理学数据集,属于 BRAIN Initiative 相关资源,联系人为 Cohen-Adad, Julien。从主题标签看,其内容围绕神经系统疾病、胼胝体、TEM 图像、小鼠模型、DANDI Archive 与神经生理学展开,面向神经系统疾病研究中的公开数据共享需求。

【数据集背景】

该数据集归属于神经系统疾病分类,聚焦于胼胝体这一中枢神经系统中的重要白质结构。胼胝体负责连接大脑左右半球,其结构完整性对神经信号传导具有关键意义。数据集以 Flox/SRF-cKO 小鼠为模型,SRF 即血清反应因子,cKO 表示条件性敲除,Flox 表示带有 loxP 位点的等位基因,这一命名方式通常用于描述基于 Cre-lox 系统的条件性基因敲除策略。该数据集被 DANDI Archive 收录,DANDI Archive 是 BRAIN Initiative 支持的数据归档平台,编号为 dandiset 001350。源站将其描述为符合 NWB 标准的神经生理学数据集,联系人为 Cohen-Adad, Julien。

【数据内容】

数据集的核心内容是 Flox/SRF-cKO 小鼠胼胝体的透射电子显微镜图像。透射电子显微镜能够以高分辨率呈现组织超微结构,常用于观察髓鞘、轴突等神经组织的精细形态。该数据集的主题标签包括神经系统疾病、胼胝体、TEM 图像、小鼠模型、DANDI Archive 和神经生理学。除上述信息外,源站未提供关于图像数量、分辨率、放大倍数、切片位置、动物数量或分组设计的进一步说明。

【采集与来源】

数据集来源于 dandiarchive.org,即 DANDI Archive,具体编号为 dandiset 001350。源站将其标注为 NWB 标准的神经生理学数据集,并归属于 BRAIN Initiative。联系人为 Cohen-Adad, Julien。关于样本制备方法、成像设备型号、成像参数、采集时间、实验地点及具体实验流程,源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于神经系统疾病领域的研究,尤其是与胼胝体结构相关的超微形态观察。由于采用 TEM 图像并涉及 Flox/SRF-cKO 小鼠模型,其潜在用途包括对胼胝体组织在基因条件性敲除背景下的超微结构进行比较性观察。数据集被标注为神经生理学数据集,也可服务于神经生理学相关研究中的数据共享与再利用。关于具体适用场景的更多说明,源站未提供。

【使用方法】

该数据集可通过 DANDI Archive 获取,编号为 dandiset 001350。源站将其描述为符合 NWB 标准的神经生理学数据集,但关于 TEM 图像数据的具体读取方式、文件组织格式、配套元数据字段及分析工具,源站未提供。使用者可依据 DANDI Archive 的通用访问方式查找该数据集,具体操作细节源站未提供。

【质量与限制】

源站未提供关于数据质量、图像完整性、标注准确性、样本量或潜在偏差的说明。该数据集被标注为 NWB 标准的神经生理学数据集,但 TEM 图像与 NWB 标准之间的具体对应关系,源站未提供。关于数据限制、使用注意事项及质量控制信息,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的联系人为 Cohen-Adad, Julien。关于引用格式、许可协议、使用条款及版权信息,源站未提供。使用者如需引用或使用该数据集,应参考 DANDI Archive 上 dandiset 001350 的官方页面获取相关说明。

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使用方式

数据集获取

源站:https://dandiarchive.org/dandiset/001350

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

DANDI Archive dandiset 001350. NWB-standard neurophysiology dataset (BRAIN Initiative). Contact: Cohen-Adad, Julien.

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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