对照组与Cuprizone中毒小鼠胼胝体TEM图像及轴突和髓鞘分割

主题标签:神经系统疾病、胼胝体、TEM图像、轴突分割、髓鞘分割、Cuprizone模型、DANDI Archive。本数据集为神经系统疾病领域公开数据集,主题涵盖神经系统疾病。

dandi
2025-05-09 更新
浏览 13
医学影像图像分割神经系统疾病胼胝体TEM图像轴突分割髓鞘分割Cuprizone模型DANDI Archive
TEM Images of  Corpus Callosum in Control and Cuprizone-Intoxicated Mice with Axon and Myelin Segmentations

基本信息

模态
医学影像
任务类型
图像分割
创建/更新时间
2025-05-09
版本
0.250512.1625

资源简介

对照组与Cuprizone中毒小鼠胼胝体TEM图像及轴突和髓鞘分割

该数据集名为 TEM Images of Corpus Callosum in Control and Cuprizone-Intoxicated Mice with Axon and Myelin Segmentations,收录于 DANDI Archive,编号为 dandiset 001436,属于神经系统疾病领域的公开数据资源。数据集围绕小鼠胼胝体的透射电子显微镜图像展开,涵盖正常对照组与 Cuprizone 处理组,并提供轴突与髓鞘的分割信息。其主题标签包括神经系统疾病、胼胝体、TEM 图像、轴突分割、髓鞘分割、Cuprizone 模型以及 DANDI Archive。该数据集以 NWB 标准组织神经生理学数据,来源于 BRAIN Initiative 相关项目,联系人为 Cohen-Adad, Julien。整体而言,它为研究神经系统疾病中胼胝体超微结构变化提供了图像与分割标注资源。

【数据集背景】

该数据集属于神经系统疾病领域,重点关注胼胝体在正常状态与 Cuprizone 中毒状态下的差异。Cuprizone 模型常用于诱导脱髓鞘等神经系统病变,而胼胝体作为富含髓鞘的脑区,是观察轴突与髓鞘变化的典型部位。数据集通过透射电子显微镜图像记录这些结构,并配套轴突与髓鞘分割,为相关研究提供形态学层面的数据基础。来源站为 dandiarchive.org,属于 DANDI Archive 中的 dandiset 001436。

【数据内容】

数据内容为小鼠胼胝体的 TEM 图像,覆盖对照组与 Cuprizone 中毒组,并包含轴突分割与髓鞘分割。主题标签明确列出轴突分割、髓鞘分割、Cuprizone 模型、胼胝体、TEM 图像等关键词。数据集以 NWB 标准神经生理学数据形式发布,属于 BRAIN Initiative 相关数据。除上述内容外,源站未提供更细粒度的数据字段、图像数量、分辨率或分割格式说明。

【采集与来源】

该数据集来源于 dandiarchive.org,源站描述为 DANDI Archive dandiset 001436,属于 NWB 标准的神经生理学数据集,并与 BRAIN Initiative 相关。联系人为 Cohen-Adad, Julien。关于具体采集设备、成像参数、样本制备流程、实验地点与时间等信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于神经系统疾病研究,尤其是涉及胼胝体、轴突与髓鞘结构变化的场景。由于包含对照组与 Cuprizone 中毒组的 TEM 图像及分割信息,可用于观察或分析脱髓鞘相关模型中的超微结构差异。主题标签中的轴突分割与髓鞘分割也提示其可用于分割算法、图像分析或形态计量相关的研究。其他具体应用方向源站未提供。

【使用方法】

该数据集以 NWB 标准神经生理学数据形式发布,可通过 DANDI Archive 获取,dandiset 编号为 001436。使用者可依据 DANDI Archive 的常规访问方式检索和下载该数据集。关于数据的具体加载方式、目录结构、文件命名规则、分割标注的读取方法以及配套工具,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 DANDI Archive,属于 BRAIN Initiative 相关 NWB 标准数据集,联系人为 Cohen-Adad, Julien。关于数据质量、标注精度、样本量、覆盖范围、潜在偏差以及使用限制等具体信息,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集来源于 dandiarchive.org,为 DANDI Archive dandiset 001436。关于引用格式、许可条款、使用条件与授权信息,源站未提供。

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使用方式

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源站:https://dandiarchive.org/dandiset/001436

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

DANDI Archive dandiset 001436. NWB-standard neurophysiology dataset (BRAIN Initiative). Contact: Cohen-Adad, Julien.

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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