Sheffield Dravex 数据集

数据集获取

源站：https://doi.org/10.5281/zenodo.23526735

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据集大小约 4.05 GB。

数据说明

本数据集随iGEM Sheffield 2025项目一同发布，该项目研究了工程化外泌体作为靶向Dravet综合征治疗药物的递送载体。Dravet综合征是一种由SCN1A单倍剂量不足引起的儿童期癫痫。除构建展示狂犬病毒糖蛋白肽（RVG）以实现血脑屏障靶向的外泌体的湿实验工作外，我们还采用粗粒化分子动力学模拟来建模此类外泌体如何与血脑屏障膜相互作用。本存档包含该建模工作中的模拟系统构建、结构、参数文件及脚本。完整项目文档可在项目wiki上获取：https://2026.igem.wiki/sheffield/index.html 文件/文件夹 Wiki页面 为何 inputs/martini_v3.0_phosphoinositides_v1.0.itp 代表……的外泌体 外泌体脂质混合物中PIP脂质的力场参数 _exosome_box120.zip（mixed、native、NRG1b-LAMP2b、RVG-LAMP2b） 代表……的外泌体 这些是平面斑块所代表的真实尺寸模型。请先展示它们，然后解释为何转向斑块模型。

scripts/（fix_chol_vsites、fix_overlaps、fix_vesicle、remove_clashes、untangle_proteins）Exosome representing……，作为TS2CG后处理步骤。这是你的撰写部分。按运行顺序列出每个脚本，并说明它修复什么问题。2_small_systems/inputs/（native、mixed、NRG1、RVG patch 2.0）引言 Flat Patch用于概览，Surface Proteins Flat……用于NRG1/RVG patches。这些是四种外泌体变体的patch版本。inputs/patch_proteins Surface Proteins Flat……插入到patches中的蛋白质结构。Native patch，与其他patch对比。Exosome Post processing Native patch是无靶向蛋白对照。BBB膜输入（不在你的截图中；可能在更下方）BBB 20nm simulations/（ss_mix、ss_native、ss_nrg、……）Full System – Flat Membrane Patch + BBB联合运行：设置和运行参数 figures/vi

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。