5天龄部分瘫痪斑马鱼胚胎与正常同胞的RNAseq比较

数据集获取

源站：https://search.dataone.org/view/sha256%3Ac43730fe96d03746855c1e58cfd255586cd90c846210a35af7597b9912fccc64

标准获取流程：

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2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

Sofa potato (sop) 是一种突变斑马鱼品系，其神经肌肉接头处的突触传递缺失，这是由于乙酰胆碱受体（AChR）δ亚基基因的点突变所致，导致其骨骼肌瘫痪。为了探究突触传递缺失所引起的胚胎基因变化，我们对受精后5天的正常同胞（sop+/?）和sop纯合胚胎（sop-/-）进行了RNA-seq分析。Sofa potato (sop) 是一种突变斑马鱼品系，其神经肌肉接头处的突触传递缺失，这是由于乙酰胆碱受体（AChR）δ亚基基因的点突变所致，导致其骨骼肌瘫痪（doi:10.1523/jneurosci.0851-04.2004）。为了探究突触传递缺失所引起的突触基因变化，我们对受精后5天（5 dpf）的正常同胞（sop+/?）和sop纯合胚胎（sop-/-）进行了RNA-seq分析。Sop-/-携带一个可诱导的野生型δ亚基基因，该基因在受精后2天被诱导，导致部分瘫痪（doi:10.1038/s41598-017-01900-3）。

将sop+/-杂交获得的斑马鱼胚胎分为瘫痪纯合组（sop-/-）和能游动的同胞组（sop+/+或sop+/-）。两组均用米非司酮处理，以诱导野生型δ亚基部分挽救瘫痪鱼。在受精后5天（5 dpf），使用RNeasy Mini Kit（QIAGEN）从两组（每组约10条幼鱼）中提取总RNA。下一代测序……，# 受精后5天部分瘫痪斑马鱼胚胎与正常同胞的RNAseq比较 https://doi.org/10.5061/dryad.7d7wm3838 RNAseq数据来源于受精后5天的斑马鱼胚胎，用于比较瘫痪的影响。## 数据和文件结构说明 Sofa potato（sop）是一种突变斑马鱼品系，由于乙酰胆碱受体δ亚基基因的点突变，其神经肌肉接头处的突触传递缺失。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。