LinkedOmics胆管癌TCGA队列
LinkedOmics提供TCGA-CHOL的临床、甲基化、转录组等整理数据，可用于胆管癌多组学关联分析。数据格式为表格，包含45条数据记录，适用于分类任务，专注于肿瘤领域的肝门胆管癌研究。
基本信息
资源简介
LinkedOmics胆管癌TCGA队列
【一句话概览】
TCGA-CHOL 胆管癌数据集涵盖临床注释、甲基化、miRNA、突变、RPPA、RNAseq 和 SCNV 等多组学数据。临床表型含 45 例受试者、13 项特征。甲基化数据基于 Illumina HM450K 平台，含 CpG 位点水平与基因水平 Beta 值，分别覆盖 328768 和 20097 个特征，各 36 例。miRNA 基因水平表达含 618 个特征，36 例。基因水平与位点水平体细胞突变分别含 136 和 6 个特征，各 35 例。RPPA 分析物水平与基因水平各含 182 和 151 个特征，各 30 例。RNAseq 基因水平含 19104 个特征，36 例。SCNV 局灶水平 log-ratio 与阈值化分。
【数据集背景】
本数据集源站标题为《Datasets for Cholangiocarcinoma (TCGA-CHOL)》。
【数据内容】
源站原始描述：Download Clinical annotation Clinical Phenotype 45 13 tsi Methylation (CpG-site level, HM450K) Download Methylation data of tumor samples at CpG-site level (Beta values, Illumina HM450K platform) CpG Beta Values (Val-0.5) 36 328768 cct Methylation (Gene level, HM450K) Download Methylation data of tumor samples at Gene level (Beta values, Illumina HM450K platform) gene Beta Values (Val-0.5) 36 20097 cct miRNA (Gene level) Download miRNA expression for tumor samples (Normalized, RPM) miRgene Expre…
中文译文（机器翻译，仅供快速理解，请以原文为准）：下载 临床注释 临床表型 45 13 tsi 甲基化（CpG位点水平，HM450K） 下载 肿瘤样本在CpG位点水平的甲基化数据（Beta值，Illumina HM450K平台） CpG Beta值（Val-0.5） 36 328768 cct 甲基化（基因水平，HM450K） 下载 肿瘤样本在基因水平的甲基化数据（Beta值，Illumina HM450K平台） 基因 Beta值（Val-0.5） 36 20097 cct miRNA（基因水平） 下载 肿瘤样本的miRNA表达（标准化，RPM） miR基因 表达（RPM，Log2(Val+1)） 36 618 cct 突变（基因水平） 下载 基因水平的体细胞突变 SNV 基因 突变状态（MutSig2CV） 35 136 cbt 突变（位点水平） 下载 位点水平的体细胞突变 SNV 突变位点 突变状态（MutSig2CV） 35 6 cbt RPPA（分析物水平） 下载 反向相位蛋白阵列（RPPA）表达标准化（分析物水平） 分析物 表达（信号） 30 182 cct RPPA（基因水平） 下载 反向相位蛋白阵列（RPPA）表达标准化（基因水平） 基因 表达（信号） 30 151 cct RNAseq（HiSeq，基因水平） 下载 RNAseq数据标准化计数（Illumina HiSeq平台，基因水平，标准化log2 RPKM） 基因 表达（RSEM，Log2(Val+1)） 36 19104 cct SCNV（焦点水平，对数比值） 下载 焦点水平的拷贝数变化，GISTIC2对数比值 焦点 拷贝数变化（GISTIC2，Log2ratio） 36 20 cct SCNV（焦点水平，阈值化） 下载 焦点水平的拷贝数变化，GISTIC2阈值化 焦点 拷贝数变化（GISTIC2，Log2ratio） 36 3 cgt SCNV（…
【主题与分类】
主题标签：Cholangiocarcinoma、TCGA-CHOL、Clinical、Methylation、miRNA、Mutation、RPPA、RNAseq、SCNV、Multi-omics。
【适用方向】
结构化表格数据可直接用于统计建模、特征工程与队列分析。
【获取与许可】
源站页面：https://www.linkedomics.org/data_download/TCGA-CHOL/
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://www.linkedomics.org/data_download/TCGA-CHOL/
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
LinkedOmics提供TCGA-CHOL的临床、甲基化、转录组等整理数据，可用于胆管癌多组学关联分析。
数据加载示例（表格/文本类）
import pandas as pd, glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.csv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tsv"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.xlsx"), recursive=True))
print("数据文件:", files)
df = pd.read_csv(files[0])
print(df.shape); print(df.columns.tolist()); print(df.head(3))
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