幼体斑马鱼大脑原始光片电压成像数据集

主题标签:神经系统疾病、斑马鱼、光片成像、电压成像、神经生理学、NWB、BRAIN Initiative。本数据集为神经系统疾病领域公开数据集,主题涵盖神经系统疾病。

dandi
2025-08-21 更新
浏览 23
其他神经系统疾病斑马鱼光片成像电压成像神经生理学NWBBRAIN Initiative
Raw light-sheet voltage imaging datasets for larval zebrafish brains

基本信息

模态
其他
创建/更新时间
2025-08-21
版本
draft

资源简介

幼体斑马鱼大脑原始光片电压成像数据集

该数据集为公开的神经生理学数据资源,英文名称为 Raw light-sheet voltage imaging datasets for larval zebrafish brains,收录于 DANDI Archive,对应 dandiset 编号 001553。其内容属于 BRAIN Initiative 相关数据,采用 NWB 标准组织神经生理学数据,联系人为 Wang, Zeguan。从主题上看,该数据集涉及神经系统疾病、斑马鱼、光片成像、电压成像、神经生理学、NWB 以及 BRAIN Initiative 等方向,面向神经系统疾病领域的研究与应用。整体而言,该数据集提供了以斑马鱼幼体大脑为对象的原始光片电压成像数据,适合关注神经活动记录、神经系统疾病相关机制以及标准化神经生理数据使用的用户参考。

【数据集背景】

该数据集归属于神经系统疾病领域,同时在本站分类中列于“其他”类别。其来源站为 dandiarchive.org,源站描述指出这是 DANDI Archive 的 dandiset 001553,属于 NWB 标准的神经生理学数据集,并与 BRAIN Initiative 相关。数据集主题标签涵盖神经系统疾病、斑马鱼、光片成像、电压成像、神经生理学、NWB 和 BRAIN Initiative。由此可见,该数据集处于神经科学数据共享与标准化神经生理记录的背景下,面向以斑马鱼幼体为模型的研究场景。关于该数据集更具体的项目背景、资助信息或研究目标,源站未提供。

【数据内容】

从名称和主题标签可知,该数据集包含斑马鱼幼体大脑的原始光片电压成像数据。数据以 NWB 标准进行组织,属于神经生理学数据范畴。其主题涉及电压成像和光片成像,表明数据与神经活动的光学记录相关。数据集被归入神经系统疾病领域,说明其可能服务于该领域的研究用途。关于数据的具体规模、文件数量、记录时长、通道数、分辨率、样本量或具体实验条件,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 dandiarchive.org,对应 DANDI Archive dandiset 001553。源站描述其为 NWB-standard neurophysiology dataset,并标注为 BRAIN Initiative 相关数据。联系人信息为 Wang, Zeguan。数据主题涉及斑马鱼幼体大脑的光片电压成像。关于采集设备、采集参数、实验方案、伦理审批、采集时间、采集地点以及具体实验人员分工等信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于神经系统疾病领域的公开数据使用场景,尤其与斑马鱼幼体大脑、光片成像、电压成像和神经生理学相关。由于采用 NWB 标准,可用于标准化神经生理数据的读取、分析、复用与方法比较。其主题标签中包含 BRAIN Initiative,表明其可能适合与脑研究相关数据共享和分析流程衔接。关于该数据集是否适用于特定疾病模型、药物筛选、发育神经生物学或神经环路研究等具体场景,源站未提供。

【使用方法】

该数据集以 NWB 标准神经生理学数据形式提供,来源站为 DANDI Archive,dandiset 编号为 001553。使用者可依据 DANDI Archive 的常规访问方式获取该数据集,并借助支持 NWB 标准的工具进行读取和处理。关于具体的下载步骤、访问权限、API 调用方式、推荐软件版本、分析流程或预处理方法,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为原始光片电压成像数据,采用 NWB 标准组织,属于神经生理学数据集,并与 BRAIN Initiative 相关。其主题涉及斑马鱼幼体大脑、光片成像和电压成像。关于数据质量评估、信噪比、运动伪影、缺失数据、标注完整性、验证结果或已知技术限制,源站未提供。使用者应结合自身研究目的判断其适用性。

【引用与许可】

该数据集来源于 dandiarchive.org,对应 DANDI Archive dandiset 001553,联系人为 Wang, Zeguan。关于该数据集的具体引用格式、作者列表、版本号、DOI、许可协议或使用条款,源站未提供。使用者应以来源站发布的信息为准进行引用和合规使用。

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使用方式

数据集获取

源站:https://dandiarchive.org/dandiset/001553

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

DANDI Archive dandiset 001553. NWB-standard neurophysiology dataset (BRAIN Initiative). Contact: Wang, Zeguan.

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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