PXD000786：基于iTRAQ降解组学的BMP1/Tolloid样底物研究
该数据集来自ebi.ac.uk，围绕BMP-1对细胞表面或细胞外基质蛋白的蛋白酶解作用展开。研究采用基于iTRAQ的定量蛋白质组学方法，在过表达BMP-1的HT1080细胞条件培养基中鉴定出37种含量显著升高或降低的细胞外蛋白，作为候选底物；其中betaglycan、CD109和neuropilin
基本信息
资源简介
PXD000786：基于iTRAQ降解组学的BMP1/Tolloid样底物研究
PXD000786 数据集聚焦于 BMP1/Tolloid 样蛋白酶底物的鉴定，采用基于 iTRAQ 的定量蛋白质组学降解组学策略，考察 BMP-1 对细胞表面蛋白及细胞外基质蛋白的蛋白酶解作用。研究以过表达 BMP-1 的 HT1080 细胞为对象，通过比较条件培养基中细胞外蛋白的丰度变化，筛选出 37 种含量显著升高或降低的细胞外蛋白作为候选底物。其中 betaglycan、CD109 和 neuropilin-1 三种 TGF-β 共受体被选中用于进一步的底物验证。该数据集归属于神经系统疾病／其他分类，来源为 ebi.ac.uk，主题标签涵盖 TGF-β、蛋白酶、BMP-1、iTRAQ 以及人类（Homo sapiens）等信息。
【数据集背景】
BMP-1 属于 BMP1/Tolloid 样金属蛋白酶家族，已知参与细胞外基质蛋白的加工与细胞表面蛋白的释放。为系统揭示其底物谱，该研究采用 iTRAQ 定量蛋白质组学方法，检测 BMP-1 过表达引起的细胞外蛋白水解释放变化。研究关注的是细胞表面或细胞外基质来源的可溶性蛋白片段，而非细胞内蛋白，因此以条件培养基作为分析对象。这一设计使得能够在接近生理的分泌环境中捕捉蛋白酶作用后的产物，为候选底物的筛选提供依据。
【数据内容】
数据集的核心内容是过表达 BMP-1 的 HT1080 细胞条件培养基中细胞外蛋白的定量比较结果。研究共发现 37 种细胞外蛋白在条件培养基中的含量显著升高或降低，这些蛋白被列为候选底物。值得注意的是，其中三种候选蛋白——betaglycan、CD109 和 neuropilin-1——属于 TGF-β 共受体，在从细胞表面释放后还可作为拮抗剂发挥作用，因此被选作进一步底物验证的对象。数据集主题标签涉及 TGF-β、蛋白酶、BMP-1、iTRAQ、iTRAQ-atoms，以及人类物种注释（NEWT:9606）和质谱相关注释（MS:10001…，原文截断）。
【采集与来源】
该数据集来源于 ebi.ac.uk。研究体系为过表达 BMP-1 的 HT1080 细胞，分析材料为其条件培养基。定量方法为基于 iTRAQ 的定量蛋白质组学。物种信息标注为 Homo sapiens（human），对应 NEWT:9606。其余关于样本制备、质谱平台、分离方法等实验细节，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于蛋白酶底物筛选与降解组学研究，尤其是针对 BMP1/Tolloid 样蛋白酶家族成员对细胞外基质及细胞表面蛋白的加工与释放分析。由于涉及 TGF-β 共受体（betaglycan、CD109、neuropilin-1）的释放，也可用于探讨 TGF-β 信号调控相关的外泌或脱落过程。此外，iTRAQ 定量策略使其可用于比较不同条件下细胞外蛋白丰度变化的定量蛋白质组学场景。与神经系统疾病／其他的分类关联提示其可能作为相关疾病背景下的参考数据，但具体疾病关联机制源站未提供。
【使用方法】
源站未提供具体的数据使用说明、文件格式、检索方式或分析流程。使用者需依据源站页面获取数据文件与元数据，并自行判断适用性。
【质量与限制】
源站未提供关于数据质量评估、重复数、统计阈值或假阳性控制的具体信息。已知的候选底物为 37 种细胞外蛋白，其中仅 betaglycan、CD109 和 neuropilin-1 被选作进一步验证，其余候选底物是否经过独立验证源站未提供。数据集基于 HT1080 细胞过表达体系，向其他细胞类型或生理条件的推广需谨慎。主题标签中部分注释信息在源站描述中截断，完整注释需以源站为准。
【引用与许可】
源站未提供引用格式与许可条款信息。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
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公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ebi.ac.uk/pride/archive/projects/PXD000786
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
在本研究中，我们采用基于iTRAQ的定量蛋白质组学方法，揭示了BMP-1从细胞表面或ECM释放蛋白水解片段的作用。在过表达BMP-1的HT1080细胞条件培养基中，发现37种细胞外蛋白的含量显著升高或降低，因此可被视为候选底物。引人注目的是，这些新候选物中有三种（betaglycan、CD109和neuropilin-1）是TGF-β共受体，当从细胞表面释放时也作为拮抗剂发挥作用，因此被选用于进一步的底物验证。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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