基本信息

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分类

创建/更新时间

2026-11-04

资源简介

慢性尼古丁暴露与戒断后多个奖赏和认知脑区的转录组分析

该数据集为 NCBI BioProject 收录的转录组研究项目，编号 1533848，英文名称为“Transcriptomic profiling of multiple reward and cognitive brain regions following chronic nicotine exposure and withdrawal”。项目聚焦于慢性尼古丁暴露及随后戒断条件下，多个与奖赏和认知功能相关的脑区转录组变化，数据以原始测序读段（Raw sequence reads）的形式提供。作为 BioProject 体系中的一项记录，它汇集了围绕同一研究目标所产生的生物数据，便于使用者从单一入口定位和获取该项目对应的数据资源。该数据集在分类上归入神经系统疾病 / 其他方向，来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，适合关注尼古丁成瘾、戒断机制以及相关脑区分子变化的科研人员参考使用。

【数据集背景】

尼古丁暴露与戒断涉及中枢神经系统中奖赏回路和认知相关脑区的复杂分子适应过程。该 BioProject 围绕这一主题，对慢性尼古丁暴露及戒断后多个奖赏与认知相关脑区进行转录组分析，旨在从基因表达层面刻画不同脑区在暴露和戒断条件下的变化特征。项目由单一组织或联合体发起，属于针对特定研究目标而建立的生物数据集合。BioProject 记录本身为用户提供统一入口，用于发现和链接该项目所产生的多种数据类型。该数据集的主题标签为“Raw sequence reads”，表明其对外提供的数据形态以原始序列读段为主。

【数据内容】

该数据集的核心内容为转录组测序产生的原始序列读段。研究覆盖多个与奖赏和认知相关的脑区，并在慢性尼古丁暴露及戒断两种条件下进行转录组分析。数据以 Raw sequence reads 形式提供，意味着使用者获取的是未经进一步加工的高通量测序原始读段，可用于后续的比对、定量和差异表达等分析。除上述信息外，关于样本数量、测序平台、读长、脑区具体名称、时间点设置等细节，源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 NCBI BioProject，源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号为 1533848。BioProject 是围绕单一研究计划、由单一组织或联合体产生的生物数据的集合，其记录为用户提供查找该项目所生成各类数据的统一位置。该项目的英文名称明确指向慢性尼古丁暴露与戒断后多个奖赏和认知脑区的转录组分析。关于样本采集的具体流程、实验动物或受试者信息、测序机构、建库方法等，源站未提供。

【适用场景】

该数据集适用于神经科学、成瘾生物学和转录组学相关研究。典型用途包括：分析慢性尼古丁暴露与戒断条件下奖赏及认知相关脑区的基因表达差异；比较不同脑区对尼古丁暴露和戒断的转录组响应；将原始序列读段用于重新比对、定量或整合分析；以及作为尼古丁依赖与戒断机制研究的公共数据资源。由于数据以原始读段形式提供，也适合需要从原始数据出发进行自定义处理流程的研究者。具体分析目标是否适用，仍需结合源站提供的完整项目信息判断。

【使用方法】

使用者可通过 NCBI BioProject 记录（ID 1533848）访问该项目，并依据记录中的链接获取以 Raw sequence reads 形式提供的数据。一般流程包括：从源站下载原始测序读段，使用常规转录组分析工具进行质量控制、比对或定量，再根据研究设计开展差异表达或脑区间比较分析。由于该数据集涉及多个脑区以及暴露和戒断条件，使用时应先确认各样本对应的分组信息。关于下载方式、数据量、文件格式及具体分析建议，源站未提供。

【质量与限制】

该数据集来自 NCBI BioProject，属于公共生物数据资源，其记录提供统一入口以链接项目产生的多种数据类型。数据以原始序列读段形式提供，使用者需自行完成后续质控与分析。当前可确认的信息包括项目编号、英文名称、主题标签、来源站及分类，但关于样本量、测序深度、覆盖度、重复数、统计功效、脑区具体范围及戒断时间安排等质量相关细节，源站未提供。因此，在未获取源站完整信息前，不宜对该数据集的质量和适用范围作出进一步判断。

【引用与许可】

该数据集来源于 NCBI BioProject，源站为 ncbi.nlm.nih.gov，项目编号 1533848。使用该数据集时，应遵循源站的相关使用条款和引用要求。关于该项目的具体许可条款、引用格式、作者列表及致谢要求，源站未提供。建议使用者直接访问源站记录，以获取最新的引用与许可信息。

原始链接

https://ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study?acc=PRJNA1533848

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数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1533848

标准获取流程：

访问源站链接，注册/登录账号；
进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
- ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
- 天池: 登录后页面提供直链下载
  以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

项目描述：长期尼古丁暴露及随后的戒断会在相互连接的脑回路中诱导持久的神经适应性变化，促成觅药行为、记忆相关线索条件化以及戒断症状。尽管中脑边缘多巴胺系统中快速的受体水平适应性变化已有充分记载，但在成瘾的不同阶段，驱动这些复杂神经适应性变化的潜在区域特异性转录改变仍未被完全理解。本项目提供了一个全面的批量RNA测序数据集，涵盖奖赏、运动和认知回路中的六个关键节点：腹侧被盖区（VTA）、伏隔核（NAc）、海马（HIPP）、前额叶皮层（PFC）、黑质（SN）和尾壳核（CPU）。样本采集自动物模型完成条件性位置偏好（CPP）行为范式后（慢性尼古丁[N] vs. 生理盐水[S]）以及随后的戒断期后（尼古丁戒断[NW] vs.

生理盐水戒断[SW]）。在我们先前上传的数据集（登录号：PRJNA1521358）基础上，该数据集包含VTA和NAc的N组和S组，本次提交新增了20个实验组。这些包括HIPP、PFC、SN和CPU的全部四种条件（N、S、NW、SW），以及VTA和NAc的戒断条件（NW、SW），每组n=5个生物学重复。这一扩展数据集有助于对与尼古丁成瘾相关的基因表达网络和分子通路进行多维分析。此外，它还支持广泛的跨区域和时间比较，以描绘驱动尼古丁奖赏条件化与戒断的不同转录特征，为发现新的治疗靶点提供了宝贵资源。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别