转录组引导代谢建模揭示转基因SCA3小鼠小脑胰岛素抵抗
该数据集来自 NCBI BioProject（ID 1346926），主题为转录组引导的代谢建模，研究转基因 SCA3 小鼠小脑中的胰岛素抵抗
基本信息
资源简介
转录组引导代谢建模揭示转基因SCA3小鼠小脑胰岛素抵抗
PRJNA1346926 是 NCBI BioProject 数据库中的一条项目记录，其英文名称为“Transcriptome-guided metabolic modeling implicates cerebellar insulin resistance in transgenic SCA3 mice”。该数据集围绕转录组引导的代谢建模展开，研究对象为转基因 SCA3 小鼠，关注的重点是小脑中的胰岛素抵抗现象。从主题标签来看，该数据集涉及原始序列读长（Raw sequence reads），属于神经系统疾病相关数据。本站将其归类为神经系统疾病 / 其他。整体而言，该数据集为探索 SCA3 这一神经系统疾病中小脑胰岛素抵抗的分子机制提供了转录组与代谢建模相结合的数据基础。
【数据集背景】
该数据集来源于 NCBI BioProject，源站标题为“ID 1346926 - BioProject - NCBI”。BioProject 是 NCBI 提供的一种记录形式，用于汇集与某一项单一研究计划相关的生物学数据，这些数据来自单一机构或联盟。BioProject 记录为用户提供了一个统一入口，以便查找该项目所产生的多种数据类型。该数据集所对应的研究计划聚焦于转基因 SCA3 小鼠，并采用转录组引导的代谢建模方法，探讨小脑中的胰岛素抵抗问题。SCA3 属于神经系统疾病范畴，因此该数据集被本站归入神经系统疾病 / 其他分类。源站未提供该研究计划的具体机构名称、联盟组成或更详细的研究背景信息。
【数据内容】
根据主题标签，该数据集的内容类型为原始序列读长（Raw sequence reads）。这意味着数据集中包含的是测序产生的原始序列数据。数据集英文名称表明，这些数据与转录组引导的代谢建模相关，并涉及转基因 SCA3 小鼠小脑中的胰岛素抵抗研究。然而，关于具体的样本数量、测序平台、读长长度、数据量大小、转录组具体覆盖的基因或通路、代谢模型的具体构建方式与参数等细节，源站未提供。本站分类将其归为神经系统疾病 / 其他，但未进一步说明该分类下的具体数据组织方式。
【采集与来源】
该数据集的来源站为 ncbi.nlm.nih.gov，具体记录为 BioProject ID 1346926。BioProject 记录本身并不直接存储所有原始数据，而是提供指向该项目所产生的多种数据类型的链接。源站描述指出，BioProject 记录来自单一机构或联盟，但该数据集的源站未提供具体的机构名称、联盟成员、采集地点、采集时间、样本来源小鼠的具体品系背景、转基因构建方式、饲养条件或伦理审批信息。因此，关于采集与来源的详细内容，源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于与神经系统疾病相关的转录组分析和代谢建模研究。具体而言，由于数据集主题涉及转基因 SCA3 小鼠小脑中的胰岛素抵抗，它可能适用于探索 SCA3 疾病机制、小脑代谢改变、胰岛素信号通路异常等方向的研究。主题标签表明其包含原始序列读长，因此可用于转录组数据的重新分析、比对、表达定量或与其他数据集的整合分析。此外，该数据集也可用于代谢建模方法学的参考或验证。然而，由于源站未提供具体的实验设计、样本分组和建模细节，实际适用场景的边界需依据源站记录进一步确认。
【使用方法】
该数据集可通过 NCBI BioProject 数据库进行访问，记录 ID 为 1346926。用户可以在 BioProject 记录页面中找到指向该项目所产生的多种数据类型的链接。由于主题标签为原始序列读长，用户可能需要进一步链接至 NCBI 的序列读取存档（SRA）或其他相关数据库以获取原始测序数据。关于具体的数据下载方式、文件格式、分析工具推荐或处理流程，源站未提供。用户应依据 BioProject 记录中的链接指引，结合自身研究需求进行数据获取与分析。
【质量与限制】
该数据集来自 NCBI BioProject，属于公共数据库记录。BioProject 记录本身提供的是项目层面的元数据与数据链接，而非经过统一质量控制或标准化的分析结果。原始序列读长的质量取决于原始测序实验本身，但源站未提供该数据集的测序质量指标、污染评估、重复性验证或批次效应等信息。此外，由于源站未提供样本数量、实验设计细节和代谢建模的具体参数，该数据集在复用时的适用范围和可靠性需谨慎评估。本站分类为神经系统疾病 / 其他，但未提供额外的质量评级或限制说明。
【引用与许可】
该数据集的引用方式应遵循 NCBI BioProject 的通用引用规范，具体引用格式需参考源站记录页面。关于该数据集的许可类型、使用条款、是否允许商业用途或再分发等细节，源站未提供。用户在使用该数据集时，应直接查阅 NCBI BioProject 记录 ID 1346926 的页面，以获取最新的引用要求和许可信息。源站未提供具体的文献引用、DOI 或数据使用协议内容。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1346926
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
来自转基因SCA3小鼠模型（84Q）和野生型对照（15Q）的小脑转录组分析。脊髓小脑共济失调3型（SCA3；马查多-约瑟夫病）是一种多聚谷氨酰胺神经退行性疾病，以小脑受累显著。为了表征疾病相关的转录变化并为基于约束的代谢建模提供输入，我们从SCA3-84Q小鼠和15Q对照的小脑组织中生成了批量RNA-seq数据。
该数据集支持差异表达、通路富集分析，以及与基因组规模代谢模型的整合，以研究线粒体和能量通路以及修复/蛋白质稳态程序。生物体和组织：Mus musculus，小脑。队列和重复：SCA3-84Q（n = 6）和15Q对照（n = 6）。年龄和性别：18个月；混合性别（计数见样本元数据）。伦理：机构IACUC批准CCH-AE-106-017。文库和平台：使用Agilent SureSelect制备链特异性mRNA文库；在Illumina HiSeq 2500上进行双端150 bp测序。主要处理（按手稿）：- 读段QC：FastQC。- 比对：HISAT2比对到GRCm39（mm39），除非另有说明，使用默认设置。- 后处理：SAMtools用于BAM处理和索引。- 定量：StringTie用于转录本/基因水平定量并生成计数矩阵。- RNA-seq QC：RSeQC用于比对和覆盖度指标。- 批次校正：R中的SVA（详见手稿方法）。数据存放：所有生物学重复的原始读段（FASTQ），以及基因水平计数矩阵、样本元数据（基因型、年龄、性别、批次）和QC报告。总体设计：小鼠小脑的批量RNA-seq，比较SCA3-84Q和
从小脑组织中提取总RNA；使用Agilent SureSelect制备链特异性mRNA文库，并在Illumina HiSeq 2500平台上以双端150 bp读长进行测序。数据处理遵循手稿中描述的流程：FastQC -> HISAT2 (mm39) -> SAMtools -> StringTie -> RSeQC，并进行批次校正。
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。
需要用于商业化训练或医疗器械注册（NMPA/FDA）？
公开数据往往缺乏完整的病理回证与专家标注。千方医数集依托陕川双基地与超十家三甲医院直连，提供完全合规、去标识化、支持注册级质控的专病数据集交易服务。
