小鼠V1多层双光子成像与同一神经元Xenium空间转录组
主题标签：神经系统疾病、双光子成像、空间转录组、Xenium、小鼠V1、NWB、神经生理。本数据集为神经系统疾病领域公开数据集，主题涵盖神经系统疾病。
基本信息
资源简介
小鼠V1多层双光子成像与同一神经元Xenium空间转录组
该数据集英文名为 Mouse V1 multiplane two-photon imaging with Xenium spatial transcriptomics of the same neurons，收录于 DANDI Archive，编号为 dandiset 002015，属于 NWB 标准的神经生理学数据集，来源于 BRAIN Initiative，联系人为 Arkhipov, Anton。数据集在分类上归入神经系统疾病 / 其他，主题标签涵盖神经系统疾病、双光子成像、空间转录组、Xenium、小鼠V1、NWB、神经生理。整体来看，这是一个面向神经系统疾病领域的公开数据集，围绕小鼠初级视觉皮层（V1）展开，将多平面双光子成像与 Xenium 空间转录组技术结合，对同一批神经元进行跨模态观测，为研究神经活动与分子空间特征之间的关系提供了数据基础。
【数据集背景】
该数据集属于神经系统疾病领域，来源站为 dandiarchive.org，源站描述其为 DANDI Archive dandiset 002015，并标注为 NWB 标准的神经生理学数据集，与 BRAIN Initiative 相关。数据集的主题标签包括神经系统疾病、双光子成像、空间转录组、Xenium、小鼠V1、NWB、神经生理。从这些信息可以看出，该数据集处于神经科学与空间组学交叉的方向，关注小鼠 V1 区域，并采用双光子成像与空间转录组相结合的方式。关于该数据集更具体的研究动机、所属项目背景及科学问题，源站未提供。
【数据内容】
数据集的核心内容是对同一批神经元进行多平面双光子成像，并结合 Xenium 空间转录组。其英文名称明确体现了“same neurons”这一关键特征，即成像与空间转录组针对的是同一群神经元。主题标签中同时出现双光子成像、空间转录组、Xenium、小鼠V1、NWB 和神经生理，说明数据内容涉及神经活动成像与空间基因表达信息两个层面。数据以 NWB 标准组织，属于神经生理学数据集。关于具体的神经元数量、成像平面数、基因 panel、转录组覆盖范围、数据文件规模与结构等细节，源站未提供。
【采集与来源】
该数据集来源于 dandiarchive.org，源站为 DANDI Archive，编号 dandiset 002015，并标注为 NWB 标准的神经生理学数据集，属于 BRAIN Initiative 相关数据。联系人为 Arkhipov, Anton。数据采集对象为小鼠 V1，采集手段包括多平面双光子成像与 Xenium 空间转录组，且二者针对同一批神经元。关于具体的实验动物品系、年龄、性别、手术与采集参数、Xenium 实验流程、成像设备型号等信息，源站未提供。
【适用场景】
基于其主题标签与数据组织方式，该数据集适用于神经系统疾病相关研究，尤其是涉及小鼠 V1 的神经活动与空间转录组联合分析场景。由于数据同时包含双光子成像与 Xenium 空间转录组，并强调针对同一批神经元，可用于探索神经活动特征与空间分子特征之间的对应关系。数据以 NWB 标准提供，也适合在支持 NWB 的神经数据分析流程中使用。关于该数据集是否已被用于特定疾病模型、特定分析任务或特定公开研究，源站未提供。
【使用方法】
该数据集为 NWB 标准的神经生理学数据集，可通过 DANDI Archive 获取，dandiset 编号为 002015。使用者可依据 NWB 标准工具链读取和处理其中的神经生理数据。由于数据同时涉及双光子成像与 Xenium 空间转录组，使用时可分别针对成像数据与空间转录组数据进行分析，并围绕“同一批神经元”进行跨模态对应。关于具体的下载方式、文件命名规则、推荐分析软件、预处理步骤与配准方法，源站未提供。
【质量与限制】
该数据集标注为 NWB 标准的神经生理学数据集，并来源于 BRAIN Initiative 相关项目，联系人为 Arkhipov, Anton。其主题涵盖神经系统疾病、双光子成像、空间转录组、Xenium、小鼠V1、NWB、神经生理。关于数据质量评估指标、缺失情况、批次效应、样本量、可重复性验证及使用限制，源站未提供。
【引用与许可】
该数据集来源于 dandiarchive.org，源站为 DANDI Archive，dandiset 编号 002015，联系人为 Arkhipov, Anton。关于具体的引用格式、DOI、作者列表、许可协议与使用条款，源站未提供。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载，适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档，适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务（收技术服务费，非数据销售）
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管，完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站：https://dandiarchive.org/dandiset/002015
标准获取流程：
- 访问源站链接，注册/登录账号；
- 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
- 部分平台提供 SDK，例如：
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
DANDI Archive dandiset 002015. NWB-standard neurophysiology dataset (BRAIN Initiative). Contact: Arkhipov, Anton.
数据加载示例（图像类）
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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