LITMUS:基于大鼠的运动单位数据集,含4种STD波形形态变异性

主题标签:神经系统疾病、运动单位、大鼠、STD波形、神经生理、NWB标准、BRAIN Initiative。本数据集为神经系统疾病领域公开数据集,主题涵盖神经系统疾病。

dandi
2024-06-21 更新
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时间序列分类神经系统疾病运动单位大鼠STD波形神经生理NWB标准BRAIN Initiative
LITMUS: Rat-based motor unit dataset with 4 STD waveform shape variability

基本信息

模态
时间序列
任务类型
分类
创建/更新时间
2024-06-21
版本
draft

资源简介

LITMUS:基于大鼠的运动单位数据集,含4种STD波形形态变异性

LITMUS: Rat-based motor unit dataset with 4 STD waveform shape variability 是一个公开的神经生理学数据集,收录于 DANDI Archive(dandiset 001072),采用 NWB 标准格式组织数据,属于 BRAIN Initiative 相关数据资源。该数据集以大鼠为实验对象,围绕运动单位(motor unit)展开,重点涉及 4 种 STD 波形形状变异。数据集在分类上归属于神经系统疾病 / 其他方向,联系人为 O'Connell, Sean。整体而言,该数据集面向神经系统疾病研究领域,提供与运动单位相关的神经生理记录,主题标签涵盖神经系统疾病、运动单位、大鼠、STD 波形、神经生理、NWB 标准以及 BRAIN Initiative,适合对运动单位电生理特征及波形变异性进行进一步分析与利用。

【数据集背景】

该数据集的主题标签包括神经系统疾病、运动单位、大鼠、STD 波形、神经生理、NWB 标准以及 BRAIN Initiative。从这些标签可以看出,数据集处于神经生理学与神经系统疾病研究的交叉领域,关注大鼠运动单位的电生理活动,并特别涉及 STD 波形形状的变异。数据集来源于 DANDI Archive,编号为 dandiset 001072,属于 BRAIN Initiative 相关数据。源站将其描述为 NWB 标准的神经生理学数据集。关于该数据集的具体研究背景、立项动机以及所针对的疾病模型细节,源站未提供。

【数据内容】

数据集的核心内容为大鼠运动单位相关数据,并包含 4 种 STD 波形形状变异。数据以 NWB 标准格式进行组织,属于神经生理学数据范畴。主题标签中明确列出了“运动单位”“STD 波形”“神经生理”等关键词,表明数据内容围绕运动单位的电生理信号及其波形特征展开。关于数据的具体规模、记录通道数、采样率、受试大鼠数量、波形变异的具体定义与分类方式,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 dandiarchive.org,对应 DANDI Archive 的 dandiset 001072。源站描述其为 NWB 标准的神经生理学数据集,并与 BRAIN Initiative 相关。数据集的联系人为 O'Connell, Sean。关于具体的采集设备、实验范式、电极类型、手术与记录流程、采集地点及时间等信息,源站未提供。

【适用场景】

基于其主题标签与分类,该数据集可应用于神经系统疾病领域的研究,尤其是与运动单位电生理及 STD 波形形状变异相关的分析。由于采用 NWB 标准格式,该数据集适合在支持 NWB 的神经生理数据分析流程中使用,也可用于运动单位波形特征比较、波形变异性研究等场景。关于该数据集是否适用于特定疾病建模、药物筛选或临床转化等具体用途,源站未提供。

【使用方法】

该数据集以 NWB 标准格式提供,可通过 DANDI Archive 获取,dandiset 编号为 001072。使用者可借助支持 NWB 格式的工具与库对数据进行读取、浏览和分析。关于具体的下载方式、访问权限、推荐分析工具、预处理步骤及使用示例,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集采用 NWB 标准组织,来源为 DANDI Archive,并属于 BRAIN Initiative 相关数据,这些因素为其规范性提供了一定基础。数据集涉及 4 种 STD 波形形状变异,主题聚焦于大鼠运动单位。关于数据质量评估指标、缺失情况、噪声水平、标注完整性以及使用中的具体限制,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的联系人为 O'Connell, Sean,来源站为 dandiarchive.org,dandiset 编号为 001072。关于该数据集的具体引用格式、许可协议类型及使用条款,源站未提供。

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源站:https://dandiarchive.org/dandiset/001072

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  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

DANDI Archive dandiset 001072. NWB-standard neurophysiology dataset (BRAIN Initiative). Contact: O’Connell, Sean.

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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