将人类内源性逆转录病毒整合入转录组关联研究揭示重大精神疾病新风险因素

数据集获取

源站：https://doi.org/10.18742/22179655

标准获取流程：

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3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

将人类内源性逆转录病毒整合到全转录组关联研究中，凸显了重大精神疾病的新风险因素 Duarte等，2024年。内容：本仓库包含以下文件：- 本README文件（readme.txt）。- 用于TWAS流程FUSION的SNP权重（FUSION_weights_AFR_all_1.tar.gz、FUSION_weights_EUR_all_1.tar.gz）以及用于TWAS精细定位流程FOCUS的SNP权重（FOCUS_weights_AFR_all_1.tar.gz、FOCUS_weights_EUR_all_1.tar.gz），这些权重可用于推断人类内源性逆转录病毒（HERVs）和蛋白编码基因的表达。进行rTWAS的指南可在https://rodrigoduarte88.github.io/neuro_rTWAS/ 获取。SNP权重针对欧洲人（N = 563）和非裔美国人（N = 229）提供，详见手稿。- 用于rTWAS分析的连锁不平衡参考面板，使用1,000 Genomes的欧洲（1000G_EUR_LDREF_3.per_chr.tar.gz）或非洲（1000G_AFR_LDREF_3.per_chr.tar.gz）子集创建。注意：Duarte等，2024年描述的分析使用CommonMind Consortium的欧洲或非洲子集作为连锁不平衡参考面板进行。

然而，这些文件的访问受NIMH Repository and Genomics Resources（NRGR）控制。因此，我们在此提供一个基于1000 Genomes数据的等效数据集，可用作您自己rTWAS的连锁不平衡参考面板。- 手稿中使用的所有代码，包括用于生成参考面板和SNP权重的过滤标准（Duarte et al. 2024 - all code.zip）。相关内容：- 如何执行rTWAS：https://rodrigoduarte88.github.io/neuro_rTWAS/。- CommonMind Consortium：https://www.synapse.org//#!Synapse:syn2759792/wiki/69613 参考文献：Hoffman, G.E., Bendl, J., Voloudakis, G. et al. CommonMind Consortium provides transcriptomic and epigenomic data for Schizophrenia and Bipolar Disorder. Sci Data 6, 180 (2019). https://doi.org/10.1038/s41597-019-0183-6 - 1000 Genome

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。