GSE289706：研究miRNA miR-219在非洲爪蟾神经嵴发育中的作用

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源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE289706

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数据说明

神经嵴（NC）是位于神经板边界、前基板外胚层（PPE）和非神经外胚层（NNE）之间的干细胞群。神经嵴干细胞可分化为多种组织，包括部分周围神经系统和颅面骨骼。神经嵴细胞在早期神经胚形成过程中被特化，经历上皮-间质转化（EMT），随后迁移至发育中胚胎的各个部位。神经嵴特化的精细调控机制正日益被阐明，但仍有许多问题尚待解答。神经嵴的失调会导致多种疾病，统称为神经嵴病。微小RNA（MicroRNA）是一类长度为20-22个核苷酸的非编码短RNA，通过转录后抑制影响基因表达。我们筛选出miRNA-219，认为其可能参与非洲爪蟾神经嵴的发育。通过使用吗啉代寡核苷酸敲低（KD）miR-219，揭示了神经嵴表型，从而研究了该miRNA所影响的分子通路。

使用整体原位杂交技术评估NC及其他组织的发育，检测关键神经嵴和神经板边界标记物如Pax3、Xhe2、Sox10和Snail2，并结合阿尔新蓝染色、表型分析、RNA测序及新型microRNA挽救实验。此外，我们验证了两个直接靶标Snai2和Hes5.3的调控关系。结果表明，miR-219是NC正确特化和发育所必需的。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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