GSE70834：血清素能调控黑色素细胞转化——生物电网络解释随机全或无色素沉着

数据集获取

源站：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE70834

标准获取流程：

1. 访问源站链接，注册/登录账号；
2. 进入数据集详情页，按页面指引申请权限或直接下载；
3. 部分平台提供 SDK，例如：
   • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
   • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
   • 天池: 登录后页面提供直链下载
     以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

非洲爪蟾幼虫中特定细胞的静息膜电位去极化，会因黑色素细胞失调而诱导显著色素沉着。在此，我们证明这一非细胞自主过程由cAMP、CREB以及转录因子Sox10和Slug介导。我们的微阵列分析揭示了在去极化后数小时内对Vmem水平作出响应的特异性转录本，以及一组517个转录本，其表达在超过一周后完全色素沉着表型期间仍持续改变，从而将指导细胞去极化与一系列发育过程和疾病状态联系起来。我们还表明，黑色素细胞的电压依赖性转化涉及垂体分泌MSH的促黑素细胞，并构建了一个模型，用以说明将体内黑色素细胞微环境的生物电特性与此类黑色素瘤样表型中诱导的遗传和细胞变化联系起来的分子通路。值得注意的是，该表型是全或无的：每只个体动物要么整体发生黑色素细胞转化，要么不发生。这种群体决策是随机的，导致给定实验处理下色素沉着个体的百分比各不相同。

为了理解这一复杂信号系统的随机性和动态特性，我们开发了一种新颖的计算方法，能够自动化地逆向工程随机动态信号模型。借助此方法，我们发现了一个网络模型，该模型不仅定量解释了我们的复杂数据集，还对我们在体内验证的新实验做出了准确预测。综上所述，这些数据(1)揭示了体内转移样发育细胞行为新型触发因素的分子细节，(2)提出了生物医学干预的新靶点，并且(3)证明了计算方法在理解胚胎发育和转移过程中细胞随机决策原理上的可行性。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。