发育期脑纤维结构:共聚焦图像与定量数据

该数据集包含TIFF和PNG格式的共聚焦显微镜图像,以及猪脑干、胼胝体及大脑(额叶、枕叶、顶叶和颞叶)在出生后第1、14和180天纤维结构的相应定量数据

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2026-10-06 更新
浏览 12
医学影像回归出生后白质发育纤维取向离散度猪模型共聚焦显微镜主成分分析脑干胼胝体大脑
Developmental brain fibre architecture:confocal images and quantitative data

基本信息

模态
医学影像
任务类型
回归
许可
Creative Commons Attribution 4.0 International
创建/更新时间
2026-10-06
版本
1.0.0

资源简介

发育期脑纤维结构:共聚焦图像与定量数据

该数据集名为 Developmental brain fibre architecture:confocal images and quantitative data,收录了猪脑干、胼胝体及大脑(额叶、枕叶、顶叶和颞叶)在出生后第1、14和180天的共聚焦显微镜图像,以及与之对应的纤维结构定量数据。图像以TIFF和PNG两种格式提供,定量指标涵盖纤维方向、纤维离散度和纤维数量,并进一步包含主成分分析(PCA)的输入数据与结果。文件按年龄和脑区组织,随附的README文档对变量定义、文件说明以及图像分析工作流程进行了交代。该数据集由Xu, Lanxi、Albon, Julie、Errington, Rachel、Lei, Rujing和Theobald, Peter共同完成,发布于Zenodo平台,采用Creative Commons Attribution 4.0 International许可,主题涉及出生后白质发育、纤维方向离散度、猪模型、共聚焦显微镜和主成分分析。

【数据集背景】

该数据集关注出生后脑白质发育过程中的纤维结构特征。研究以猪为模型,选取脑干、胼胝体以及大脑的额叶、枕叶、顶叶和颞叶作为观察区域,并在出生后第1天、第14天和第180天三个时间点进行采样。这一时间跨度覆盖了出生后早期到较成熟阶段,有助于观察纤维结构随发育进程的变化。数据集所属分类为神经系统疾病 / 其他,来源站为doi.org,发布机构为Zenodo。

【数据内容】

数据集包含两类主要材料。第一类是共聚焦显微镜图像,格式为TIFF和PNG,覆盖上述脑区与年龄组合。第二类是与图像对应的定量数据,具体测量指标包括纤维方向、纤维离散度和纤维数量。此外,数据集还提供了主成分分析(PCA)的输入数据和结果,可用于探索多项纤维指标之间的综合关系。文件按照年龄和脑区进行组织,便于按发育阶段或解剖区域检索。随附的README文档给出了变量定义、文件描述以及图像分析工作流程的细节。

【采集与来源】

数据来源于共聚焦显微镜成像,样本为猪脑的脑干、胼胝体及大脑皮层相关脑区。作者为Xu, Lanxi、Albon, Julie、Errington, Rachel、Lei, Rujing和Theobald, Peter,发布机构为Zenodo,来源站为doi.org。发布时间为2026年。许可方式为Creative Commons Attribution 4.0 International。关于具体的成像参数、样本制备方法、动物来源及伦理审批信息,源站未提供。

【适用场景】

该数据集可用于出生后白质发育研究,尤其是围绕纤维方向、纤维离散度和纤维数量随年龄变化的分析。由于同时覆盖脑干、胼胝体及多个大脑叶区,并包含三个出生后时间点,适合比较不同脑区在发育过程中的纤维结构差异。主成分分析输入数据与结果的存在,使其也可用于多指标降维与综合特征提取的方法学参考。主题标签中的“猪模型”提示其可服务于以猪为实验对象的神经发育或比较医学研究;“共聚焦显微镜”则表明其适用于显微成像相关的图像分析流程开发与验证。关于具体疾病关联或临床转化用途,源站未提供。

【使用方法】

使用时可依据文件组织方式,按年龄和脑区定位所需图像与定量数据。README文档提供了变量定义、文件描述和图像分析工作流程,建议在使用前先行阅读,以正确理解各定量指标的含义及分析步骤。TIFF和PNG两种图像格式可分别用于需要无损数据或便于预览的场景。PCA输入数据与结果可直接用于复现或对比主成分分析。若需将本数据集与其他数据整合,应留意年龄、脑区及指标命名的一致性。关于具体的软件环境、代码依赖或处理参数,源站未提供。

【质量与限制】

数据集提供了README文档,对变量定义、文件描述和图像分析工作流程进行了说明,这有助于提升可重复性。图像同时提供TIFF和PNG格式,定量指标明确列出纤维方向、纤维离散度和纤维数量,并附有PCA输入与结果。限制方面,样本仅涉及猪脑,且时间点限于出生后第1、14和180天,脑区限于脑干、胼胝体及额叶、枕叶、顶叶和颞叶。关于图像分辨率、样本量、重复次数、缺失数据情况以及定量测量的误差范围,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集采用Creative Commons Attribution 4.0 International许可,使用时需按照该许可要求进行署名。作者为Xu, Lanxi、Albon, Julie、Errington, Rachel、Lei, Rujing和Theobald, Peter,发布机构为Zenodo,来源站为doi.org,发布时间为2026年。关于具体的引用格式、DOI标识及署名细节,源站未提供。

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源站:https://doi.org/10.5281/zenodo.23178725

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集包含TIFF和PNG格式的共聚焦显微镜图像,以及关于猪脑干、胼胝体和大脑(额叶、枕叶、顶叶和颞叶)在出生后第1天、第14天和第180天时纤维结构的相应定量数据。定量指标包括纤维方向、分散度和数量。数据集还包括主成分分析(PCA)的输入数据和结果。文件按年龄和脑区组织,随附的README提供了变量定义、文件描述以及图像分析工作流程的详细信息。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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