转录因子Pou3f1通过激活神经谱系基因并抑制外部信号通路促进神经命运决定的数据
该数据集来自 doi.org,由 Dryad 机构于 2015 年发布,围绕转录因子 Pou3f1 在小鼠胚胎干细胞神经命运决定中的作用展开

基本信息
资源简介
转录因子Pou3f1通过激活神经谱系基因并抑制外部信号通路促进神经命运决定的数据
Data from: The transcription factor Pou3f1 promotes neural fate commitment via activation of neural lineage genes and inhibition of external signaling pathways
该数据集来自 doi.org,由 Dryad 机构于 2015 年发布,围绕转录因子 Pou3f1 在小鼠胚胎干细胞神经命运决定中的作用展开。数据涵盖 microarray、ChIP-seq 等类型,涉及 Oct6、多能干细胞、神经命运决定等主题。研究通过全基因组 ChIP-seq 和 RNA-seq 分析,揭示 Pou3f1 是神经谱系基因的上游激活因子,同时抑制 BMP 和 Wnt 信号通路。该数据可用于探究多能干细胞向神经谱系转化的调控机制,以及相关神经系统疾病的基础研究(来源 DOI 解析,Creative Commons Zero v1.0 Universal 许可)。
【数据集背景】
源站首次发布:2015。
【数据内容】
源站描述(机器翻译,仅供参考):多能干细胞的神经命运决定需要抑制外在抑制信号并激活内在正转录因子。然而,这两个事件如何整合以确保适当的神经转化仍不清楚。在这里,我们表明 Pou3f1 对于小鼠胚胎干细胞(ESCs)的神经分化至关重要,特别是在从上胚层干细胞(EpiSCs)向神经祖细胞(NPCs)的转变过程中。嵌合体分析表明,Pou3f1 敲低导致 ESCs 在神经外胚层中的掺入显著减少。相比之下,过表达 Pou3f1 的 ESC 衍生物优先贡献于神经外胚层。全基因组 ChIP-seq 和 RNA-seq 分析表明,Pou3f1 是神经谱系基因的上游激活因子,同时也是 BMP 和 Wnt 信号通路的抑制因子。我们的结果确立了
【主题与分类】
主题标签:microarray、Oct6、Pluripotent stem cell、Neural commitment、Mus musculus、ChIP-seq。本站分类:神经系统疾病。
【获取与许可】
源站页面:https://datadryad.org/dataset/doi:10.5061/dryad.3vk1g
使用许可:Creative Commons Zero v1.0 Universal。
下载信息
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pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据集大小约 77.3 MB。
数据说明
多能干细胞的神经命运决定需要抑制外在抑制信号并激活内在正向转录因子。然而,这两个事件如何整合以确保适当的神经转化仍不清楚。在此,我们发现Pou3f1对于小鼠胚胎干细胞(ESCs)的神经分化至关重要,特别是在从外胚层干细胞(EpiSCs)向神经祖细胞(NPCs)转变的过程中。嵌合体分析显示,Pou3f1敲低导致ESCs在神经外胚层中的整合显著减少。相反,过表达Pou3f1的ESC衍生细胞优先贡献于神经外胚层。全基因组ChIP-seq和RNA-seq分析表明,Pou3f1是神经谱系基因的上游激活因子,同时也是BMP和Wnt信号的抑制因子。我们的结果确立了Pou3f1通过双重作用促进多能干细胞的神经命运决定,即激活内部神经诱导程序并拮抗外在神经抑制信号。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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