黄芩素、小檗碱和迷迭香酸作为脊髓空洞症神经炎症与凋亡多基因调节剂的网络药理学及基于结构的分析数据

数据集获取（Figshare）

• 源站标题：Network pharmacology and structure-based analysis of Baicalein, berberine, and rosmarinic acid as multi-gene modulators of neuroinflammation and apoptosis in syringomyelia
• DOI：10.6084/m9.figshare.33063349.v2
• 发布日期：2026-09-25
• 文件数：14 个
• 文件总体积：5.09 MB
• 源站页面：https://tandf.figshare.com/articles/dataset/Network_pharmacology_and_structure-based_analysis_of_Baicalein_berberine_and_rosmarinic_acid_as_multi-gene_modulators_of_neuroinflammation_and_apoptosis_in_syringomyelia/33063349

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curl -L -o "Rosamarinic Acid.pdb" "https://ndownloader.figshare.com/files/66897181"
curl -L -o "Rosmarinic Acid.pdb" "https://ndownloader.figshare.com/files/66897187"
curl -L -o "Rosnarinic Acid.pdb" "https://ndownloader.figshare.com/files/66897193"

文件清单

• Baicalein.pdb（96.53 KB）
• Baicaliein.pdb（150.96 KB）
• Berberine.pdb（96.76 KB）
• Control.pdb（98.52 KB）
• PDB Complexes_combined_SM4.txt（1.23 MB）
• Rosamarinic Acid.pdb（97.35 KB）
• Rosmarinic Acid.pdb（151.77 KB）
• Rosnarinic Acid.pdb（199.90 KB）
• SM1.xlsx（16.30 KB）
• SM2.xlsx（40.46 KB）
• SM3.xlsx（9.19 KB）
• SM4.txt（1.23 MB）
• SM5.xlsx（448.80 KB）
• SM5a_RMSF.png（1.23 MB）

文件总体积 5.09 MB（源站 API 实测）。

数据加载示例（图像类）

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

数据说明

脊髓空洞症是一种进行性神经系统疾病，其特征为脊髓空洞形成、神经炎症、细胞外基质失调及细胞凋亡。遗传学和分子学研究提示多种信号通路和蛋白质靶点参与其中，然而现有治疗手段仍不充分。本研究旨在采用整合网络药理学与分子建模策略，筛选能够调控脊髓空洞症相关关键基因和蛋白质靶点的植物化学候选物。网络药理学分析识别出五个与脊髓空洞症病理生理学相关的枢纽蛋白——MMP9、CASP3、TNF、PPARG和ESR1。基于已报道的抗炎、神经保护、抗氧化和抗凋亡作用，选取了黄芩素、小檗碱和迷迭香酸。采用分子对接、分子动力学模拟、MM/GBSA结合自由能估算及相互作用谱分析，评估多靶点结合潜力与稳定性。黄芩素表现出最强的多靶点结合能力，尤其对MMP9（−40.9 kcal/mol）和PPARG（−34.8 kcal/mol），主要通过芳香族和疏水相互作用实现。

迷迭香酸与CASP3表现出强极性接触（−27.6 kcal/mol），而小檗碱则显示出中等但不太一致的靶点结合。相互作用映射和表面分析支持配体与靶点之间的分子互补性。黄芩素和迷迭香酸有望成为脊髓空洞症的多靶点调节剂，具有影响神经炎症、基质重塑和凋亡通路的潜力。

许可

CC BY 4.0

引用

学术使用请引用 DOI 10.6084/m9.figshare.33063349.v2（source: https://tandf.figshare.com/articles/dataset/Network_pharmacology_and_structure-based_analysis_of_Baicalein_berberine_and_rosmarinic_acid_as_multi-gene_modulators_of_neuroinflammation_and_apoptosis_in_syringomyelia/33063349）。