GluK2谷氨酸受体光开关配体gluazo的分子动力学研究数据
本数据集来自 Dryad,对应一项关于光致变色配体 gluazo 的分子动力学研究。gluazo 靶向兴奋性氨基酸受体,其暗适应 trans 异构体是红藻氨酸型谷氨酸受体 GluK2 的部分激动剂,紫外光照后转为 cis 形式并显著降低对 GluK2 的亲和力

基本信息
资源简介
GluK2谷氨酸受体光开关配体gluazo的分子动力学研究数据
Data from: Molecular dynamics investigation of gluazo, a photo-switchable ligand for the glutamate receptor GluK2
本数据集来自 Dryad,对应一项关于光致变色配体 gluazo 的分子动力学研究。gluazo 靶向兴奋性氨基酸受体,其暗适应 trans 异构体是红藻氨酸型谷氨酸受体 GluK2 的部分激动剂,紫外光照后转为 cis 形式并显著降低对 GluK2 的亲和力。该计算研究旨在解释这种光异构化如何影响配体亲和力变化。数据包含分子动力学模拟与 umbrella sampling 相关结果,可用于研究光药理学配体与受体相互作用机制(来源 DOI 解析,Creative Commons Zero v1.0 Universal 许可)。
【数据集背景】
源站首次发布:2016。
【数据内容】
源站描述(机器翻译,仅供参考):光致变色配体(PCLs)被定义为能够赋予天然受体光敏感性的光开关分子,已成为生物学各种应用中一种有前景的光药理学工具。通常,PCLs 由靶受体的配体与偶氮苯共价连接而成,后者在光照下可在两种构型之间可逆切换。Gluazo 作为一种靶向兴奋性氨基酸受体的 PCL,其暗适应 trans 异构体被表征为红藻氨酸谷氨酸受体 GluK2 的部分激动剂。施加紫外光导致 cis 形式的形成,其对 GluK2 的亲和力显著降低。光异构化诱导的配体亲和力变化机制尚未解决。本计算研究解释了这种 PCL 的异构化如何影响结构
【主题与分类】
主题标签:umbrella sampling、photochromic ligand、photoisomerization、Molecular dynamics、GluK2。本站分类:神经系统疾病/其他。
【获取与许可】
源站页面:https://datadryad.org/dataset/doi:10.5061/dryad.7r71q
使用许可:Creative Commons Zero v1.0 Universal。
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pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
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- OpenDataLab:
数据集大小约 2.63 GB。
数据说明
光致变色配体(PCLs),被定义为能够赋予天然受体对光敏感性的光开关分子,已成为生物学各种应用中一种有前景的光药理学工具。通常,PCLs由目标受体的配体与偶氮苯共价连接而成,后者在光照下可在两种构型之间可逆地切换。Gluazo作为一种靶向兴奋性氨基酸受体的PCL,在其暗适应的反式异构体中,被表征为红藻氨酸谷氨酸受体GluK2的部分激动剂。紫外光的施加导致顺式形式的形成,其对GluK2的亲和力显著降低。光异构化诱导配体亲和力变化的机制尚未解决。本文所呈现的计算研究解释了这种PCL的异构化如何影响目标受体的结构变化,从而导致其激活。
数据加载示例(图像类)
from PIL import Image
import glob, os
files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
+ glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)
# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path) # 要求 子目录=类别
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