Allen Institute OpenScope 跨物种 V2(Ophys)

该数据集以 NWB 标准组织神经生理学数据,属于 BRAIN Initiative 相关数据资源,联系人为 Lecoq, Jérôme A.

dandi
2026-07-17 更新
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时间序列神经系统疾病神经生理学NWB标准跨物种BRAIN InitiativeDANDI Archive
Allen Institute OpenScope - Cross-Species V2 (Ophys)

基本信息

模态
时间序列
创建/更新时间
2026-07-17
版本
draft

资源简介

Allen Institute OpenScope 跨物种 V2(Ophys)

Allen Institute OpenScope - Cross-Species V2 (Ophys) 是一个面向神经系统疾病领域的公开神经生理学数据集,收录于 DANDI Archive,对应编号为 dandiset 001709。该数据集以 NWB 标准组织神经生理学数据,属于 BRAIN Initiative 相关数据资源,联系人为 Lecoq, Jérôme A.。从主题上看,该数据集聚焦神经系统疾病,可用于围绕神经系统疾病开展的神经活动分析与研究。其名称中的“Cross-Species”与“Ophys”提示该资源涉及跨物种的神经生理学记录,但具体物种、记录区域、任务设计等信息源站未提供。整体而言,这是一个依托公开归档平台发布、遵循 NWB 标准、面向神经系统疾病研究的神经生理学数据集。

【数据集背景】

该数据集发布在 DANDI Archive 上,源站描述其为 DANDI Archive dandiset 001709,属于 NWB 标准的神经生理学数据集,并与 BRAIN Initiative 相关。数据集英文名称为 Allen Institute OpenScope - Cross-Species V2 (Ophys),从名称可以看出其与 Allen Institute 的 OpenScope 项目相关,并标注为跨物种(Cross-Species)版本 V2,数据类型为 Ophys,即神经生理学/光学生理学记录。本站将其归类为神经系统疾病 / 其他。联系人为 Lecoq, Jérôme A.。关于该数据集的具体研究背景、项目目标、涉及的疾病模型或科学问题,源站未提供。

【数据内容】

该数据集为神经生理学数据集,采用 NWB 标准进行组织。NWB 是神经生理学数据常用的标准化格式,通常用于承载电生理、光学生理等记录及其相关元数据。数据集名称中包含“Ophys”,表明其内容与光学生理学记录相关;名称中包含“Cross-Species”,表明其可能涉及多个物种的数据。本站分类将其归入神经系统疾病 / 其他,说明其主题与神经系统疾病相关。关于数据的具体模态、通道数、记录时长、样本量、物种组成、脑区、实验条件、行为任务等细节,源站未提供。

【采集与来源】

该数据集来源于 dandiarchive.org,即 DANDI Archive,对应 dandiset 001709。源站描述其为 NWB-standard neurophysiology dataset (BRAIN Initiative),联系人为 Lecoq, Jérôme A.。关于采集设备、采集地点、采集时间、实验方案、伦理审批信息、具体机构归属等,源站未提供。

【适用场景】

基于现有信息,该数据集适用于神经系统疾病领域的神经生理学数据分析和研究。由于其采用 NWB 标准,可用于支持标准化的神经数据分析流程;由于其与 BRAIN Initiative 相关,可能服务于神经科学基础与转化研究。名称中的跨物种与光学生理学特征提示其可能用于跨物种比较或光学生理信号分析。但关于具体适用任务、推荐分析目标、可支持的疾病研究方向等,源站未提供。

【使用方法】

该数据集发布在 DANDI Archive 上,可通过 dandiarchive.org 访问,对应 dandiset 001709。通常 DANDI Archive 上的 NWB 数据集可通过其平台提供的工具进行下载与读取。关于具体的下载方式、访问链接、数据组织目录、推荐读取工具、依赖软件版本、示例代码等,源站未提供。

【质量与限制】

该数据集为 DANDI Archive 上发布的 NWB 标准神经生理学数据集,并标注为 BRAIN Initiative 相关资源。关于数据质量评估、缺失情况、噪声水平、标注完整性、版本差异、使用限制、伦理或隐私约束等,源站未提供。

【引用与许可】

该数据集的联系人为 Lecoq, Jérôme A.,来源站为 dandiarchive.org,对应 dandiset 001709。关于具体的引用格式、DOI、许可协议、使用条款、署名要求等,源站未提供。

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使用方式

数据集获取

源站:https://dandiarchive.org/dandiset/001709

标准获取流程:

  1. 访问源站链接,注册/登录账号;
  2. 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
  3. 部分平台提供 SDK,例如:
    • OpenDataLab: pip install openxlab 后 openxlab.dataset.get(...)
    • ModelScope: pip install modelscope 后 modelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

DANDI Archive dandiset 001709. NWB-standard neurophysiology dataset (BRAIN Initiative). Contact: Lecoq, Jérôme A…

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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