DNA甲基化特征在脑动静脉畸形血管中的异常表现附加文件2

本数据集来自frontiersin.figshare.com,包含1个docx文件,为脑动静脉畸形(BAVM)相关研究的附加表格

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2023-06-04 更新
浏览 11
时间序列回归brain arteriovenous malformationdiffusenessextracellular matrixDCNTGF-beta pathway
Additional file 2 of DNA methylation signatures on vascular differentiation genes are aberrant in vessels of human cerebral arteriovenous malformation nidus

基本信息

模态
时间序列
大小
0.000030009 GB
任务类型
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许可
CC BY 4.0
创建/更新时间
2023-06-04
版本
v1

资源简介

DNA甲基化特征在脑动静脉畸形血管中的异常表现附加文件2

Table_1_Metabolic Disorder of Extracellular Matrix Mediated by Decorin Upregulation Is Associated With Brain Arteriovenous Malformation Diffuseness.docx

本数据集来自frontiersin.figshare.com,包含1个docx文件,为脑动静脉畸形(BAVM)相关研究的附加表格。研究对5例弥漫型与5例致密型BAVM进行定量蛋白质组学分析,结合生物信息学、免疫荧光、Western blot及管腔形成实验,探讨细胞外基质代谢紊乱与BAVM弥漫性的关系。数据可用于神经系统疾病中血管畸形机制、细胞外基质与TGF-beta通路相关研究(来源 figshare,CC BY 4.0 许可)。

【数据集背景】

配套论文《Mesenchymal Behavior of the Endothelium Promoted by SMAD6 Downregulation Is Associated With Brain Arteriovenous Malformation Microhemorrhage》发表于 Stroke(2020),DOI:10.1161/strokeaha.120.030046。源站首次发布:2020-12-07。

【数据内容】

源站描述(机器翻译,仅供参考):背景与目的:弥漫型脑动静脉畸形(BAVMs)与正常脑实质混杂,因此增加了手术切除的难度,导致手术预后不良。由于BAVM弥漫性的机制尚不清楚,我们进行了定量蛋白质组学分析,以研究弥漫型BAVMs与致密型相比蛋白质表达的改变。方法:我们对五例弥漫型BAVMs和五例致密型BAVMs进行了蛋白质组学分析。通过生物信息学分析识别与BAVM弥漫性相关的潜在信号。随后使用免疫荧光和Western blot分析在BAVM标本中研究候选蛋白质。使用管腔形成实验研究候选蛋白质对人脐静脉内皮细胞(HUVECs)血管生成的影响。最后,Masson、天狼星红染色,a

【数据结构与技术规格】

文件数 1 个,合计 30.01 KB。数据集 DOI:10.3389/fnagi.2020.584839.s004。

【主题与分类】

源站学科分类:Clinical Sciences not elsewhere classified、Central Nervous System、Pathology、Neuroscience、Protein Trafficking、Health Care。主题标签:brain arteriovenous malformation、diffuseness、extracellular matrix、DCN、TGF-beta pathway。本站分类:神经系统疾病。

【适用方向】

源站学科分类标注为 Clinical Sciences not elsewhere classified、Central Nervous System、Pathology、Neuroscience、Protein Trafficking、Health Care。

【获取与许可】

源站页面:https://frontiersin.figshare.com/articles/dataset/Table_1_Metabolic_Disorder_of_Extracellular_Matrix_Mediated_by_Decorin_Upregulation_Is_Associated_With_Brain_Arteriovenous_Malformation_Diffuseness_docx/13340234

使用许可:CC BY 4.0(https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/)。

规范引用:Li, Maogui; Liu, Qingyuan; Yang, Junhua; Jiang, Pengjun; Yang, Yi; Zhang, Yanan; et al. (2020). Table_1_Metabolic Disorder of Extracellular Matrix Mediated by Decorin Upregulation Is Associated With Brain Arteriovenous Malformation Diffuseness.docx. Frontiers. Dataset

【使用注意】

· 源站最后修改于 2023-06-04,引用时请注意版本时效。

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使用方式

数据集获取(Figshare)

命令行下载

curl -L -o "Table_1_Metabolic Disorder of Extracellular Matrix Mediated by Decorin Upregulation Is Associated With Brain Arteriovenous Malformation Diffuseness.docx" "https://ndownloader.figshare.com/files/25712231"

文件清单

  • Table_1_Metabolic Disorder of Extracellular Matrix Mediated by Decorin Upregulation Is Associated With Brain Arteriovenous Malformation Diffuseness.docx(30.01 KB)

文件总体积 30.01 KB(源站 API 实测)。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

目录组织与标注格式以源站说明和下载后实际文件为准。

数据说明

背景与目的:弥漫性脑动静脉畸形(BAVMs)与正常脑实质混杂,增加了手术切除的难度,导致手术预后不佳。由于BAVM弥漫性的机制尚不清楚,我们进行了定量蛋白质组学分析,以探究弥漫性BAVM与紧凑型BAVM相比蛋白质表达的变化。方法:我们对五例弥漫性BAVM和五例紧凑型BAVM进行了蛋白质组学分析。通过生物信息学分析,识别与BAVM弥漫性相关的潜在信号。随后,使用免疫荧光和Western blot分析在BAVM标本中研究了候选蛋白质。采用管腔形成实验探究候选蛋白质对人脐内皮细胞(HUVECs)血管生成的影响。最后,利用Masson染色、天狼星红染色和免疫荧光评估BAVM组织中细胞外基质(ECM)的特征。结果:通过蛋白质组学分析,发现弥漫性与紧凑型BAVM之间有58种蛋白质表达存在差异。

TGF-β(转化生长因子-β)信号通路、ECM-受体通路、松弛素信号通路及其他若干通路与BAVM弥漫性相关。TGF-β信号通路与血管生成相关;研究了该通路在弥漫性BAVM形成中的作用,发现核心蛋白聚糖(DCN)上调在此过程中发挥重要作用。免疫荧光显示,在弥漫性BAVM的畸形血管内及周围,DCN显著上调。功能实验表明,外源性DCN可通过抑制TGF-β信号通路并过度产生ECM,促进HUVEC的管形成能力。组织学染色证实弥漫性BAVM中ECM过度产生。结论:血管内皮细胞中DCN抑制的TGF-β信号通路与BAVM弥漫性相关。DCN上调引起的ECM代谢紊乱可能显著促进弥漫性BAVM的形成。

许可

CC BY 4.0

引用

学术使用请引用 DOI 10.3389/fnagi.2020.584839.s004(source: https://frontiersin.figshare.com/articles/dataset/Table_1_Metabolic_Disorder_of_Extracellular_Matrix_Mediated_by_Decorin_Upregulation_Is_Associated_With_Brain_Arteriovenous_Malformation_Diffuseness_docx/13340234)。

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