WSI 胶质瘤数据集

该数据集包含用于胶质瘤研究的全切片病理图像(WSI)数据,涵盖公开的TCGA胶质瘤WSI数据集和内部湘雅胶质瘤WSI数据集,主要模态为高分辨率数字病理图像,旨在支持基于Transformer的弱监督计算方法,应用于胶质瘤的临床诊断、分子标志物发现及计算病理学等领域的研究与开发。

超神经
2024-07-31 更新
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病理图像分析胶质瘤诊断

基本信息

创建/更新时间
2024-07-31

资源简介

该数据集是清华大学与中南大学湘雅医院合作论文《A transformer-based weakly supervised computational pathology method for clinical-grade diagnosis and molecular marker discovery of gliomas》中所使用的胶质瘤全切片图像(WSI)数据集。它包含两个部分:公开可获取的TCGA公共胶质瘤WSI数据集,可从NIH的基因组数据共享中心下载;以及湘雅医院内部收集的胶质瘤WSI数据集,因患者隐私保护要求不对外开放。数据集主要用于开发基于Transformer的弱监督计算方法,支持胶质瘤的临床级诊断和分子标志物发现,适用于计算病理学、数字病理图像分析及胶质瘤的精准医疗研究。

原始链接

https://hyper.ai/cn/datasets/33104

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    • ModelScope: pip install modelscopemodelscope download
    • 天池: 登录后页面提供直链下载
      以源站「数据下载/使用文档」页面为准。

数据说明

该数据集是清华大学与中南大学湘雅医院合作论文《A transformer-based weakly supervised computational pathology method for clinical-grade diagnosis and molecular marker discovery of gliomas》中所使用的胶质瘤全切片图像(WSI)数据集。它包含两个部分:公开可获取的TCGA公共胶质瘤WSI数据集,可从NIH的基因组数据共享中心下载;以及湘雅医院内部收集的胶质瘤WSI数据集,因患者隐私保护要求不对外开放。数据集主要用于开发基于Transformer的弱监督计算方法,支持胶质瘤的临床级诊断和分子标志物发现,适用于计算病理学、数字病理图像分析及胶质瘤的精准医疗研究。

数据加载示例(图像类)

from PIL import Image
import glob, os

files = (glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.png"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.jpg"), recursive=True)
       + glob.glob(os.path.join(path, "**", "*.tif"), recursive=True))
print("图像文件数:", len(files))
img = Image.open(files[0]); print("尺寸/模式:", img.size, img.mode)

# torchvision Dataset 方式:
# from torchvision import datasets
# ds = datasets.ImageFolder(path)  # 要求 子目录=类别

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