经微阵列分析得到的与肾上腺脑白质营养不良疾病严重程度相关的表达模式
本站分类:神经系统疾病/遗传性白质营养不良。本数据集为神经系统疾病领域公开数据集,主题涵盖transcription profiling by array。

基本信息
资源简介
经微阵列分析得到的与肾上腺脑白质营养不良疾病严重程度相关的表达模式
该数据集围绕肾上腺脑白质营养不良(adrenoleukodystrophy)疾病严重程度相关的表达模式展开,通过微阵列分析(microarray analysis)获得转录谱信息。数据集英文名称为“The expression patterns correlated with disease severity of adrenoleukodystrophy via microarray analysis”,在站内归入神经系统疾病 / 遗传性白质营养不良分类,来源站为 ebi.ac.uk。其主题标签包括“transcription profiling by array”和“Homo sapiens”,表明这是一项针对人类样本、以微阵列技术进行转录 profiling 的公开数据集。整体而言,该数据集旨在从分子层面提供与肾上腺脑白质营养不良疾病严重程度相关的表达模式线索,适用于神经系统疾病、遗传性白质营养不良及相关转录组研究场景。
【数据集背景】
肾上腺脑白质营养不良是一类与遗传性白质营养不良相关的神经系统疾病。为深入理解儿童期大脑型肾上腺脑白质营养不良(childhood cerebral adrenoleukodystrophy,CCALD)的炎症表型,相关研究开展了基于微阵列的转录谱分析。该研究关注的对象包括人类胚胎干细胞(human embryonic stem cells,hESCs)、对照诱导多能干细胞(control-induced pluripotent stem cells,control-iPSCs)、肾上腺脊髓神经病型诱导多能干细胞(adrenomyeloneuropathy-iPSCs,AMN-iPSCs)以及CCALD-iPSCs。通过比较这些细胞类型的转录表达模式,研究试图获得与疾病严重程度相关的分子信息。该数据集即围绕这一研究目标形成,属于神经系统疾病与遗传性白质营养不良领域的公开转录组数据资源。
【数据内容】
该数据集的核心内容是微阵列基础上的转录谱分析结果,主题为“transcription profiling by array”,物种为“Homo sapiens”。研究对象涵盖hESCs、control-iPSCs、CCALD-iPSCs和AMN-iPSCs。源站描述提到,从纯化的hESCs(P35–45)、control-iPSCs(P10-20)、CCALD-iPSCs(P10–20)和AMN-iPSCs(P10–20)中提取200 ng总RNA,并按照制造商说明转录生成生物素化的互补RNA(cRNA)。这些信息表明,数据集涉及上述细胞类型的表达模式检测,并可用于分析与肾上腺脑白质营养不良疾病严重程度相关的转录特征。除上述内容外,关于样本数量、具体基因列表、差异表达结果、统计指标等,源站未提供。
【采集与来源】
该数据集的来源站为ebi.ac.uk。根据源站描述,研究采用微阵列为基础的转录谱分析,对纯化后的hESCs、control-iPSCs、CCALD-iPSCs和AMN-iPSCs进行检测。RNA起始量为200 ng,样本包括hESCs(P35–45)、control-iPSCs(P10-20)、CCALD-iPSCs(P10–20)和AMN-iPSCs(P10–20)。总RNA被转录为生物素化cRNA,操作依据制造商说明进行。以上为源站提供的采集与实验来源信息。关于具体微阵列平台、实验批次、扫描参数、数据预处理流程等,源站未提供。
【适用场景】
该数据集适用于神经系统疾病、遗传性白质营养不良以及肾上腺脑白质营养不良相关研究。由于主题标签包含“transcription profiling by array”和“Homo sapiens”,其典型用途包括:分析hESCs、control-iPSCs、CCALD-iPSCs与AMN-iPSCs之间的转录表达模式;探索与CCALD炎症表型或疾病严重程度相关的分子特征;作为诱导多能干细胞模型研究肾上腺脑白质营养不良的转录组参考数据;以及用于比较不同疾病相关细胞类型的表达差异。该数据集也可服务于关注儿童期大脑型肾上腺脑白质营养不良和肾上腺脊髓神经病型的机制研究。具体分析场景需结合源站提供的原始数据与元数据进一步确定。
【使用方法】
使用该数据集时,可围绕微阵列转录谱数据开展表达模式分析。由于源站描述提及样本包括hESCs、control-iPSCs、CCALD-iPSCs和AMN-iPSCs,并涉及总RNA转录为生物素化cRNA的过程,使用者可依据源站提供的原始数据与元数据,进行样本分组、表达值提取、差异表达分析或聚类分析等常规转录组分析。对于关注疾病严重程度相关表达模式的研究,可将CCALD-iPSCs与control-iPSCs、AMN-iPSCs等进行比较。具体的数据下载方式、文件格式、分析工具与流程,源站未提供,需以源站实际说明为准。
【质量与限制】
该数据集来源于ebi.ac.uk,主题明确,聚焦于肾上腺脑白质营养不良相关细胞类型的微阵列转录谱分析。其样本类型包括hESCs、control-iPSCs、CCALD-iPSCs和AMN-iPSCs,并提供了RNA起始量、细胞代次范围以及cRNA制备方式等信息。然而,源站未提供样本重复数、微阵列平台细节、数据标准化方法、差异表达阈值、统计显著性结果以及验证实验等信息。因此,在使用该数据集时,应关注其作为转录谱分析数据的适用范围,避免超出源站描述进行推断。该数据集在疾病严重程度相关表达模式方面的结论,需结合源站原始研究和完整数据进行分析。
【引用与许可】
该数据集的来源站为ebi.ac.uk。关于引用方式、许可协议、使用限制或授权条款,源站未提供。使用者应直接访问来源站,查看该数据集对应的引用要求与许可说明。
下载信息
注册下载
需要注册 Kaggle 账号并登录后下载,适合需要跟踪下载记录和使用 API 的用户。
暂未开放公开下载
无需注册即可直接获取公开样本或文档,适合快速预览和评估数据集质量。
免登录有偿下载
公开数据集受托下载与技术交付服务。
提供高速下载与技术交付服务(收技术服务费,非数据销售)
暂未开放当前数据集主要来源为 Kaggle 公开托管,完整影像包建议通过原始链接或 Kaggle API 获取。
使用方式
数据集获取
源站:https://ebi.ac.uk/biostudies/arrayexpress/studies/E-GEOD-85804
标准获取流程:
- 访问源站链接,注册/登录账号;
- 进入数据集详情页,按页面指引申请权限或直接下载;
- 部分平台提供 SDK,例如:
- OpenDataLab:
pip install openxlab后openxlab.dataset.get(...) - ModelScope:
pip install modelscope后modelscope download - 天池: 登录后页面提供直链下载
以源站「数据下载/使用文档」页面为准。
- OpenDataLab:
数据说明
Dong-Wook Kim; Jiho Jang (2016). The expression patterns correlated with disease severity of adrenoleukodystrophy via microarray analysis [Dataset]. https://www.ebi.ac.uk/biostudies/arrayexpress/studies/E-GEOD-85804
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